SSuMMo

SSuMMo библиотека функций, предназначенных вокруг многократно используя HMMER назначить последовательности таксонов & NBSP;. Результаты очень аннотированные деревья, показывающие распределение видов / род в течение этого сообщества.
Программы, включенные в исходный код включает инструменты для: -
- Построить иерархической базе данных скрытых марковских моделей - dictify.py;
- Выделить последовательности признанным таксономических имен - SSUMMO.py;
- Проанализировать биологическое разнообразие, используя Симпсон, Шеннон & другой methods- rankAbundance.py;
- Визуализировать результаты, как кладограмм с отличным способность легко кросс-сравнить наборы данных - comparative_results.py
- Преобразовать результаты в формат phyloxml: dict_to_phyloxml.py;
- Сборка HTML представление - dict_to_html.py.
- Кривые разрежения участок, и рассчитать соответствующие индексы биоразнообразия
Python исходный код, представленная здесь, на Google Code. Двоичный иерархическая база данных для ПММ, а также оптимизирована SQL базы данных таксономии (используется для выведения ряды каждого таксона) может быть загружен с: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Для установки информации, пожалуйста, обратитесь к README. Для информации об использовании, есть вики (выше), и предварительный Руководство пользователя была добавлена ​​к SVN ствола

Требования :.

• Python