Marvin

Проект Марвин предлагает коллекцию Java инструментов для рисования, отображения и характеризующие химические структуры, подструктуры и реакции.
Марвин может быть легко установлен на вашем рабочем столе и интегрируется в веб-страницы и сторонних приложений через интерфейс прикладного программирования (API).
Семья Марвин состоит из следующих инструментов:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Апплеты или фасоль?
Марвин доступен в двух пакетах в зависимости от использования:
* Марвин апплетов для веб-разработчика
* Марвин Фасоль для рабочего стола аптечной и для разработчиков программного обеспечения.
Марвин апплетов инструменты для строительной химии веб-страниц, которые совместимы с большинством браузеров (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera и т.д.) Они предлагают доступ в / из JavaScript и настраиваемый параметров апплета.
Марвин Фасоль легко устанавливаемые приложения для рабочего стола и инструменты для интеграции возможностей Марвин в любое приложение Java

Что нового В этом выпуске:.

• MarvinSketch:
• Общественный поиск в базе данных в chemicalize.org.
• Возможность изменить порядок лиганда в MarvinSketch.
• Туман эффект можно контролировать различными способами:
• Существует слайдер на вкладке Display диалогового окна Preferences в Sketch / Посмотреть GUI, чтобы установить силу противотуманным эффектом и флажок, чтобы отключить автоматическое туман эффект.
• апплетов и бобы параметры вводятся: fogFactor, automaticFogEnabled. (Тема на форуме).
• Подключение к точке крепления группа не автоматически разгруппировать Sgroup больше.
• Определение содержания S-группы:. многочисленные и общие S-группы должны содержать всю подграф между облигациями, пересекающих скобки
• Обновление содержания S-группы, если кронштейн позиции меняются: либо кронштейны или структура перемещается
.
• S-группа вложение и перекрытие проверяются на молекулы проверок согласованности.
• СМАРТС импорт поддерживает алифатических атомов углерода с двойной связью (тему в форуме).
• SMILES поддерживает импорт / экспорт аллены.
• Создать традиционное название для фрагментов внутри большего соединения (например, & Quot; декстрометорфан гидробромид и Quot;).
• Поддержка CAS преобразование числа.
• Улучшение распознавания коррекции ошибок в DocumentExtractor (пропавших без вести запятыми, misrecognized типа скобки, лишние пробелы, ...).
• Документ Extractor на PDF-документов теперь дает номер страницы хиты.
• Улучшена поддержка распространенных имен в структуре к имени и имени в структуре. Общая поддержка для импорта увеличился на имя около 5% для обыкновенных и 10% для систематических названий. Скорость преобразования увеличивается примерно на 20%.
• JChem и Марвин Фасоль инсталляторы для Windows, также извлечь скрипт для Cygwin.
• Сохранить exocycyclic группы в рамках Бемис-Murcko.
• Галогенные может иметь более одного соединения при перечислении.
• Ароматические облигации учитываются при расчете количества двойных связей для проверки гомологии собственности.
• Лассо режим выбора может быть установлено по умолчанию в MSketchPane (тема на форуме).
• Новая функция, isChiral был добавлен в TopologyAnalyzer.
• Новый Chmical Условия функции: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Исправления:
• Имя ящик не обновляется после создания группы, потому что создание группы не увеличить график инвариантной число изменений (форум) тему.
• MarvinSketch приложение не понимаю и Quot; - {имя} & Quot; параметр командной строки.
• Когда структура & GT; Найти структурировать онлайн меню был вызван под Linux, браузер по умолчанию не может быть обнаружен, чтобы отобразить результат (форум) тему.
• Загрузка в isotopes.data файла из кэша Java не удалось, если его несжатый версия сохраняется в кэше (то есть, если uncompression было сделано автоматически с помощью сетевого сервера, а не Марвина). Тема на форуме, документация.
• Графические объекты не отображались в окне результатов Геометрия Plugin.
• На стрелке электронно-потока, синяя коробка для выделения была упущена (Тема на форуме).
• Заказ лиганд не отображается на эшафоте, если определения были удалены, даже если и Quot; Всегда & Quot; опция отображения был установлен на & Quot; Лиганд заказы & Quot; в диалоговом окне настроек.
• Индекс многоцентрового атома стал коррумпированным после экспорта в формат леев Мол, если он был подключен к R-группы.
• Стрелка застрял прямоугольники был поврежден во время MRV импорта / экспорта (Тема на форуме).
• Импорт-1 буквы пептида удалось в одном гистидин (тема на форуме).
• Неявные водорода пропали без вести с помощью импорта из ОСК.
• Нулевое значение собственностью MolAtom не экспортируется / импортируется в формате МСВ.
• По импортировать определенные СМАРТС, неправильный тип облигаций была определена вместо одного или ароматической связью.
• Некоторые скобы, импортированные из файлов CDX обращается в ChemDraw были показаны в неправильном направлении.
• СМАРТС экспорт: 1. атом одинарной связью сосед ароматическом кольце было экспортировано в виде одной облигации вместо одной ароматической /
• Экспорт запросов с узла связи и R-групп в формате СМАРТС были неправильными.
• Обработка атом Н был неоднозначной в СМАРТС выражений.
• Мол файл комментарий импорт поле не удалось.
• Импорт некоторых улыбается не так (форум тема).
• Если шаблон содержит цепь часть, которая может быть расположена в мишени в составе кольца (или кольцевой системы) мы должны игнорировать эту часть шаблона.
• Изобразительное с гидрогенизировать вариант Clean3D не разгруппировать S-групп автоматически (тема на форуме).
• Molecule.contractSgroups () перепутала координаты молекулы (форум тема).
• Явные водорода не были должным образом учтены в цис / транс расчета стереохимии.
• Генератор таутомером бросил ArrayIndexOutOfBoundsException в некоторых случаях.
• гомология перечисление производится противоречивые молекул для некоторых входных VMN.
• Неправильная обязанность рассчитывать после применения CovalentCounterion фиксаж.
• Формат журнала выход командной строки StructureChecker отличался от формата вывода мастера.
• ChiralFlagErrorChecker не правильно обрабатывать хиральности. Вместо расчета хиральности из данных четности, он использовал реализацию на основе метода isChiral из TopologyAnalyser.

Что нового в версии 5.4.0.1:

• Highlighting~~pobj стрелок электронных потоков был неправ, когда база или конечная точка была связь (тема на форуме).
• Серийный меню конфигурации не работает.
• Индекс многоцентрового атома неправильно создан во время экспорта леев MOLFile в случае структур, где Р-группа, подключенных к многоцентрового атома (изменение позиции облигаций).
• Неявные водорода пропали без вести из атомов после импорта или пасты структур в ISIS / Symyx Эскиз формата файла (формат файла SKC).
• CDX файлы, включая повернутых графических объектов, экспортируемых из старых версий ChemDraw не может быть импортирован.
• Расчет таутомером
• Общий таутомер не был достаточно уникальным в некоторых случаях. В связи с исправлением, общий таутомером обеспечивается ароматической форму.
• Canoncical расчет таутомером была улучшена за счет исправления в деароматизации.
• Некоторые структуры с явными водорода, связанных с клиновидной связью дал исключение в ходе общего таутомеризации.
• Расчет объема не хватает в cxcalc.
• Структура проверки бросил NullPointerException вместо игнорирования неправильный файл конфигурации.

Что нового в версии 5.1.03.2:

• IUPAC название импорта: преобразование имен ИЮПАК структурам.
• OLE 2 Поддержка:. улучшенная поддержка вставки MarvinSketch объекты в MS Office документов
• Химические Условия:. Есть на Марвина в командной строке, API и может быть использован в скриптах Java (в апплетов)
• Ускорение инициализации MarvinSketch и MarvinView при запуске, и как автономная версия, и, как реализуется компонента в других приложениях.

Требования

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment