Jmol

Jmol - это открытое, кросс-платформенное и бесплатное графическое программное обеспечение, которое изначально предназначалось для использования в качестве молекулярного зрителя для трехмерных химических структур. Он работает в четырех автономных режимах, таких как веб-приложение HTML5, Java-программа, апплет Java и «безголовый» серверный компонент.

Ключевые функции включают высокоэффективную поддержку 3D-рендеринга, не требующую какого-либо высококачественного оборудования, экспорт файлов в форматы JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ и POV-Ray, поддержка базовых ячеек, поддержку RasMol и Chime языки сценариев, а также библиотеку JavaScript.

Кроме того, программное обеспечение поддерживает анимации, поверхности, вибрации, орбитали, измерения, симметрию и операции с ячейками ячейки и схемы.

В настоящее время приложение поддерживает широкий диапазон форматов файлов, среди которых мы можем упомянуть MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO и MOPAC.

Кроме того, поддерживаются CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR и JME .

Поддерживает все основные веб-браузеры

Программное обеспечение успешно протестировано со всеми основными веб-браузерами, включая Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera и Safari. Вышеупомянутые браузерные приложения были протестированы во всех основных операционных системах (см. Следующий раздел для поддержки ОС).

Будучи написанным на языке программирования Java, Jmol - это независимое от платформы приложение, предназначенное для поддержки всех дистрибутивов GNU / Linux, операционных систем Microsoft Windows и Mac OS X и любых других ОС, в которых установлена ​​среда выполнения Java.

Что нового в этой версии :

• Исправление ошибок: Jmol SMILES не разрешает поиск вставляемых кодов - добавляет & quot; ^ & Quot; для кода вставки: [G # 129 ^ A. *]

Что нового в версии:

• Исправлена ​​ошибка: Jmol SMILES не разрешает поиск вставляемого кода - - добавляет & quot; & quot; для кода вставки: [G # 129 ^ A. *]

Что нового в версии 14.20.3:

• Исправление ошибок: Jmol SMILES не разрешает вставку- поиск кода - добавляет & quot; & quot; для кода вставки: [G # 129 ^ A. *]

Что нового в версии 14.6.5:

• Исправление ошибок: Jmol SMILES, не разрешающий поиск вставки-кода, добавляет & quot; ^ & quot; для кода вставки: [G # 129 ^ A. *]

Что нового в версии 14.6.1:

• Исправление ошибок: Jmol SMILES не разрешает вставку- поиск кода - добавляет & quot; & quot; для кода вставки: [G # 129 ^ A. *]

Что нового в версии 14.4.4 Build 2016.04.22:

• исправление ошибок: набор аннотаций атомов не регулируется для добавленных гидрогенов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.4.4 Build 2016.04.14:

• Исправление ошибок: набор аннотаций атомов не регулируется для добавленных гидрогенов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.4.4 Build 2016.03.31:

• Исправление ошибок: набор аннотаций не регулируется для добавленных гидрогенов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.4.3 Build 2016.03.02:

• Исправление ошибок: набор аннотаций атомов не настроен для добавления гидрогенов
>
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.4.3 Build 2016.02.28:

• Исправление ошибок: набор аннотаций не регулируется для добавленных гидрогенов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.4.2 Build 2016.02.05:

• Исправление ошибок: набор аннотаций атомов не регулируется для добавленных гидрогенов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.4.0 Build 2015.12.02:

• Исправление ошибок: набор аннотаций атомов не регулируется для добавленных гидрогенов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.2.15:

• исправление ошибок: комплекты атомов аннотации не настроены на добавленные водороды
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.2.13:

• Исправление ошибок: набор аннотаций атомов не настроен для добавления водородов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.2.12:

• исправление ошибок: набор аннотаций атомов не настроен для добавления водородов
• исправление ошибки: 14.3.3_2014.08.02 сломал считыватель mmCIF
• Исправлена ​​ошибка: BinaryDocument (спартанский файл), прочитанный в 14.1.12_2014.03.18

Что нового в версии 14.1.8 Beta:

• новая функция - set cartoonRibose:
• рисует кольца рибозы, с гранями, показывающими морщинки
• напрямую подключается через C4'-C5'-O5'-P
• показывает C3'-O3 'для справки.
• отключает мультяшные элементы (Леонтис-Вестхоф).
• отключен установкой SET cartoonBaseEdges ON
• , предложенный Риком Спинни, штат Огайо
• новая функция: анимационный кадр [a, b, c, d] работает с отрицательными номерами для обозначения диапазонов:
• рамка анимации [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• читать как «от 1 до 5, а затем от 10 до 6»
• Новая функция: считыватель файлов Tinker (и обновление FoldingXYZ):
• Может использовать Tinker ::, но это требуется только в том случае, если первая строка JUST atomCount
• поддерживает старый формат Tinker с n-1 атомами для atomCount
• позволяет использовать траектории и желаемый номер модели.
• новая функция: (фактически 13,1, но недокументированная) анимационная рамка [51 50 49 48 47 46 45 (и т. д.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (и т. д.) ....]
• новая функция: x = сравнение ({atomet1}, {atomet2}, "MAP")
• новая функция: x = compare ({atomet1}, {atomet2}, "MAP", "all")
• новая функция: x = compare ({atomet1}, {atomet2}, "MAP", "best")
• новая функция: x = сравнение ({atomet1}, {atomet2}, "MAP", "H")
• новая функция: x = сравнение ({atomet1}, {atomet2}, "MAP", "allH")
• новая функция - x = сравнение ({atomet1}, {atomet2}, "MAP", "bestH"):
• генерирует один или несколько списков корреляций на основе неароматических SMILES
• необязательно включает атомы H
• необязательно генерирует все возможные сопоставления атомов
• возвращает int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• , где an и bn - индексы целочисленных атомов или список, когда все "все" опция выбрана.
• следующее генерирует однокорреляционное отображение атомов для двух структур, включая атомы водорода: файлы нагрузки "a.mol" & Quot; b.mol & Quot; x = сравнение ({1.1} {2.1} "MAP" H ")
• следующее сравнивает модель кофеина от NCI с моделью PubChem:
• загрузить $ caffeine; загрузить append: caffeine; frame *
• выберите 2.1; label% [atomIndex]
• сравнить {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x = compare ({1.1}, {2.1}, "MAP" "наилучший H")
• для (a в x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; select atomindex = a1; label @ a2}
• новая функция: сравнить {модель1} {модель2} SMILES:
• не нужно давать SMILES; Jmol может генерировать его из {model1}
• новая функция: x = {*}. find (& quot; SMILES & quot ;, "H"):
• генерирует SMILES с явными атомами H
• исправление ошибок: функция substructure () с использованием SMILES вместо SMARTS, поэтому только полные структуры;
• исправление ошибок: лучшее захват ошибок и сообщения в методах, связанных с SMILES.
• Исправлена ​​ошибка: make webexport открывает путь к Jmol.jar и jsmol.zip более надежным.
• Исправлена ​​ошибка: getProperty extractModel не соблюдает подмножество
• Исправлена ​​ошибка: set pdbGetHeader TRUE не записывает REMARK3 REMARK290 REMARK350
• Исправлена ​​ошибка: getProperty («JSON», ....) должен переносить значение в значение {value: ...}
• исправление ошибок: постоянная полупрозрачность MO сломана в 11.x
• Исправлена ​​ошибка: show MENU write MENU load MENU все сломанной в 12.2
• Исправление ошибок: {*} [n] должно быть пустым, если nAtoms

Что нового в версии 14.0.7:

• Исправлена ​​ошибка: 14.0.6 фатальная ошибка - unitcell и эхо-рендеринг, getProperty

Что нового в версии 14.0.5:

• Исправление ошибки: прозрачность LCAOCartoon
• Исправлена ​​ошибка: полупрозрачная магистраль сломана
• Исправлена ​​ошибка: pqr, читатели p2n сломались
• Исправление ошибки: свойство isosurface map xxx может терпеть неудачу, если поверхность является фрагментом, который (каким-то образом) имеет точку, не связанную с лежащим в основе атомом.

Что нового в версии 14.1.5 Beta:

• Исправлена ​​ошибка: LCAOCartoon полупрозрачность сломана
>
• Исправлена ​​ошибка: полупрозрачная магистраль сломана
• Исправлена ​​ошибка: pqr, читатели p2n сломались
• Исправлена ​​ошибка: свойство isosurface map xxx может терпеть неудачу, если поверхность является фрагментом, который (каким-то образом) имеет точку, не связанную с базовым атомом.

Что нового в версии 14.0.4:

• Исправление ошибок: ракеты сломаны
• Исправление ошибок: PDB byChain, bySymop не поддерживается.

Что нового в версии 14.0.2:

• Исправлена ​​ошибка: модуляция не различала между q и t;
• Исправление ошибок: модулированные измерения не работают
• Исправление ошибок: не пропускать набор по умолчаниюLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• Исправление ошибок: изоморфная карта атомарной орбиты не работает
• исправление ошибок: вибрационное отображение модуляции с расстояниями не обновляется
• Исправление ошибок: отключение вибрации вызывает ненужное предупреждение в консоли.
• Исправлена ​​ошибка: нарисовать symop broken
• исправление ошибок: array.mul (matrix3f) сбой Jmol
• Исправлена ​​ошибка: select symop = 1555 broken
• Исправлена ​​ошибка: set picking dragSelected not working
• code: refactored CifReader, разделяющий код MMCifReader и MSCifReader: незначительное переименование / рефакторинг методов в SV
• code: добавляет интерфейс javajs.api.JSONEncodable
• суперпростая реализация в org.jmol.script.SV
• позволяет реализациям javajs предоставлять пользовательские результаты JSON.

Что нового в версии 14.1.2 Beta:

• Новая функция: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (апплет, выражение):
• лучше, чем Jmol.evaluate, потому что результатом является переменная JavaScript, а не строка.
• DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (апплет, выражение)
• новая функция: getProperty («JSON», ....):
• возвращает код JSON для свойства
• позволяет JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "некоторое выражение")
• Новая функция: getProperty variableInfo:
• позволяет извлекать переменные в формате Java или JSON.
• оценивает выражение
• по умолчанию «все»
• новая функция: модуляция настраивается на q и t, до d = 3:
• модуляция вкл / выкл (все атомы)
• moduation {atom set} on / off
• модуляция int q-offset
• модуляция x.x t-offset
• модуляция {t1 t2 t3}
• модуляция {q1 q2 q3} ИСТИНА
• новая функция: selectedList:
• упорядоченный массив недавно выбранных атомов
• может использоваться так же, как и переменная PICKED, но это упорядочено последовательно, а не временно
• двойной щелчок структуры очищает список
• @ {selectedList} [0] последний выбранный атом
• @ {selectedList} [- 1] ближайший к последнему атом
• @ {selectedList} [- 1] [0] последние два выбранных атома
• новая функция: array.pop (), array.push () - похоже на JavaScript
• новая функция: шкала модуляции x.x
• новая функция: заголовок & quot; xxxxx & quot; x.x - количество секунд для запуска
• новая функция: модуляция 0.2 // устанавливает t-значение
• Новая функция: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("тестирование"); print a.pop ()
• новая функция: выберите ON / OFF atom-set:
• включает или выключает гало для выбора гало, а также выполняет выбор
• только удобство
• Новая функция: pt1.mul3 (pt2):
• возвращает {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• если оба не являются точками, возвращается к простому умножению
• new reature: array.mul3 (pt2) - применяет mul3 ко всем элементам массива
• новая функция: {atomet} .modulation (type, t):
• обеспечивает P3 (модуляция смещения)
• реализован только для типа = "D" (Необязательно)
• необязательный t равен 0 по умолчанию
• исправление ошибок: модуляция не различает q и t;
• Исправление ошибок: модулированные измерения не работают
• Исправление ошибок: не пропускать набор по умолчаниюLattice & quot; {NaN NaN NaN} & quot;
• Исправление ошибок: изоморфная карта атомарного орбитального отказа
• Исправление ошибок: вибрационное отображение модуляции с расстояниями не обновляется
• Исправление ошибок: отключение вибрации вызывает ненужное предупреждение в консоли.
• Исправлена ​​ошибка: нарисовать symop broken
• исправление ошибок: array.mul (matrix3f) сбой Jmol
• Исправлена ​​ошибка: select symop = 1555 Исправлена ​​ошибка исправления: set picking dragSelected not working
• code: refactored CifReader, разделяющий MMCifReader и MSCifReader
• код: незначительное переименование / рефакторинг методов в SV
• code: добавляет интерфейс javajs.api.JSONEncodable:
• суперпростая реализация в org.jmol.script.SV
• позволяет реализациям javajs предоставлять пользовательские результаты JSON.

Что нового в версии 14.0.1:

• Новая функция: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (по умолчанию 55)
• Новая функция: функция load (), как и при загрузке на печать («xxx»), ограниченное чтение локального файла в апплете:
• нет файлов корневого каталога
• нет файлов без расширения
• нет файлов с любыми & quot; /.& quot; в пути
• новая функция: файлы JAR надежно подписаны
• Новая функция: файлы JAR для апплетов включают JNLP (протоколы запуска Java Network Launch Protocols) для локальной загрузки файлов.
• новая функция: параметры JSmol URL _USE = _JAR = _J2S = переопределения для информационных данных
• новая функция: (присутствовал, но недокументирован) print quaternion ([массив кватернионов]) - возвращает сферическое среднее a la Buss и Fillmore
• новая функция: print quaternion ([массив кватернионов], true):
• возвращает стандартное отклонение для сферических средних a la Buss и Fillmore
• единицы угловой степени
• Новая функция - названные значения модуля кватерниона:
• print quaternion (1,0,0,0)% "матрица"
• варианты включают в себя: w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axis ось осьуглубительная матрица
• ew - set celShadingPower:
• устанавливает силу затенения cel.
• целочисленные значения
• default 10 - это толстая строка
• 5 - тонкая линия
• 0 отключает выделение cel
• отрицательное значение удаляет внутреннее затенение - только контур
• работает на пикселе, основанном на нормальном источнике света (мощность & gt; 0) или пользователю (мощность & lt; 0)
• устанавливает цвет в фоновый контраст (черный или белый), когда normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• новая функция: отчеты чтения mmCIF _citation.title в консоли сценариев Jmol.
• новая функция: минимизировать SELECT {atomet} ТОЛЬКО - ТОЛЬКО опция исключает все остальные атомы
• новая функция: минимизировать {atomet} - неявные SELECT и ONLY
• новая функция - & quot; расширения & quot; каталоги в JSmol за предоставленные сценарии JS и SPT:
• jsmol / JS / вн
• jsmol / SPT / вн
• новая функция: загрузка ... фильтр & quot; ADDHYDROGENS & quot; - локальный набор pdbAddHydrogens только для одной команды загрузки
• новая функция: сравнить {1.1} {2.1} СБРОСЫ ОБЛИГАЦИЙ
• новая функция: list = compare ({atomet1} {atomet2} & quot; SMILES & quot; BONDS & quot;)
• новая функция: напишите JSON xxx.json
• новая функция: [# 210] JSON {"mol": ...} reader
• ew - set particleRadius:
• глобальный радиус для атомов по максимальному значению радиуса (16,0)
• по умолчанию - 20.0
• новая функция - фильтры CIF и PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; и "BYSYMOP" для заражения вирусом:
• создает только один атом на цепочку или на symop
• размер может быть масштабирован больше, чем максимум 16 ангстрем, используя, например:
• set particleRadius 30;
• пробел 30; // любое число более 16 здесь использует particleRadius вместо
• новая функция: list = compare ({atomet1} {atomet2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• новая функция: функция symop () допускает симметрию от фильтра биомолекулы для PDB и mmCIF
• новая функция - изоморфная SYMMETRY:
• применяет операторы симметрии к isosurface
• более эффективный рендеринг и создание
• выбор по умолчанию - {symop = 1} только
• По умолчанию раскраска заключается в цвет по symop на основе свойстваColorScheme
• Пример:
• загрузка 1-го фильтра "биомолекула 1"
• свойство цвета symop
• isosurface sa resolution 0.8 симметрия sasurface 0
• новая функция - новое свойство атома: chainNo:
• последовательно от 1 для каждой модели;
• chainNo == 0 означает "нет цепи" или chain = ''
• новая функция - новое свойствоColorScheme & quot; friendly & quot;:
• цветовая схема с цветной слепотой.
• используется в RCSD
• новая функция: JSpecView полностью без Java; включает 2D nmr и PDF-печать спектров.
• новая функция - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; качество & gt; 1 запрашивает ландшафтный режим:
• использует эффективные пользовательские классы создания PDF
• размер изображения, если он слишком большой
• Новая функция: JSpecView добавляет PDF и 2D-ЯМР для JavaScript.
• новая функция: load & quot; == xxx & quot; ФИЛЬТР "NOIDEAL" - Загрузка химического компонента из PDB с использованием "неидеального" набор координат
• Исправлена ​​ошибка: запись CD удалена; ChemDoodle изменил форматы; вместо этого используйте JSON
• Исправлена ​​ошибка: файлы PDB и CIF отображали сборки, такие как PAU, как большое отрицательное число
• Исправление ошибок: СРАВНИТЬ без вращения начинается бесконечный цикл
• исправление ошибок: проблема с циклом с задержкой (-1)
• Исправлена ​​ошибка: Колебание мыши для Chrome в JavaScript
• Исправление ошибок: всплывающее меню JavaScript для изменения языка.
• исправление ошибок: компоненты ядра JavaScript не обрабатываются; Jmol._debugCode не распознан
• ошибка исправления: смещение элементарной ячейки неправильно для биомолекул; неправильный для осей.
• исправление ошибок: isosurface / mo FRONTONLY broken
• Исправлена ​​ошибка: языковая локализация в JavaScript была
• Исправлена ​​ошибка: читатель ADF не читал выход MO из DIRAC Build 201304052106
• Исправлена ​​ошибка: Safari сообщает о желтой информации Jmol вместо того, чтобы просить принять апплет
• - тег должен быть
• Исправление ошибок: CIF-ридер не обрабатывает _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id правильно
• - неправильный набор атомов для нагрузки = фильтр 3fsx.cif "ASSEMBLY 1"
• Исправлена ​​ошибка: [# 558 Проблема совместимости с ChemDoodle] Ошибка JSmol в определении Number.toString ()
• Исправлена ​​ошибка: колесо мыши не работает должным образом
• Исправлена ​​ошибка: JavaScript J2S ошибка компилятора не принуждает int + = float to integer
• Исправлена ​​ошибка: JavaScript WEBGL отключен.
• Исправление ошибок: JavaScript NMRCalculation не имеет доступа к ресурсам
• Исправлена ​​ошибка: JavaScript не реализован.
• Исправлена ​​ошибка: исправление считывателя MOL для файла с несколькими образцами (всего 13.3.9_dev)
• ошибка исправления: ошибка чтения MOL с загрузкой APPEND - не продолжает номера атомов
• исправление ошибок: считыватель CIF-модуляции, не читающий линейные комбинации векторов клеточной волны
• исправление ошибок: чтение CIF с фильтром "BIOMOLECULE 1" не выполняется, если выполняется только операция идентификации
• Исправление ошибок: читатель mmCIF не читает все параметры _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• Исправление ошибок: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 должно означать "нет элементарной ячейки" независимо от биомолекулярного фильтра.
• Исправление ошибок: изослойная плита, не подходящая для плоских молекул, таких как HEM
• Исправлена ​​ошибка: print userfunc () может завершиться неудачно (userfunc () сам по себе хорошо)
• исправление ошибок: внутри (спираль) не реализовано для полимеров с C-альфами
• Исправление ошибок: _modelTitle не обновляется, когда новый файл загружен или заблокирован.
• исправление ошибок: {*}. symop.all не выполняет оператор симметрии соответственно
• Исправлена ​​ошибка: для тройной связи в SMILES в URL-адресах
• Исправление ошибок: build.xml отсутствуют классы создания PDF
• Исправление ошибок: после обновления Java, добавление правильной проверки пути для локального подписанного апплета
• Исправление ошибок: {xxx} .property_xx не сохраняется в состоянии (сломанный 8/7/2013 rev 18518)
• Исправлена ​​ошибка: обновлены манифесты для файлов JAR с подписью и без знака.
• Исправление ошибок: запись не выполняется
• Исправлена ​​ошибка: скрипт apptWait () не работает
• Исправление ошибок: сеанс PyMOL может отображать ячейку элемента после чтения из сохраненного состояния.
• Исправлена ​​ошибка: сбой MMCIF-считывателя для нескольких типов сборок
• исправление ошибок: CIF-считыватель "биомолекула 1" перевод на "молекулярный" а не «сборка»
• Исправление ошибок: траектория загрузки с несколькими файлами не работает
• Исправление ошибок: всплывающее меню апплета JS не закрывается должным образом при изменении языка.
• Исправлена ​​ошибка: HTML-код элемента checkbox не назначен
• код: рефакторинг кода апплета / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• код: рефакторинг, упрощение буферизованных считывателей и буферизованные входные потоки.
• код: рефакторинг JavaScript, лучше построить _... xml
• code: JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double все переработанные
• код: неоднозначность GT ._
• code: рефакторинг всех ненужных внутренних классов на верхний уровень.
• code: isolated util / ModulationSet с использованием api / JmolModulationSet
• code - вся локализация языка апплетов, считываемая из простых файлов .po:
• как и для JavaScript уже
• нет необходимости компилировать файлы классов для языков апплетов
• нет файлов .jar.
• каталог jsmol / idioma содержит файлы .po для Java и HTML5
• code: ускорение isosurface рендеринга, добавляющее неявное выражение "frontonly" с выбором {xxx} ТОЛЬКО
• code: более быстрая обработка isosurface с неявным «isosurfacepropertySmoothing FALSE». в соответствующих (целочисленных) случаях
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - объединяет все ссылки на URL.getContent () и Class.getResource ()
• code: JavaScript работает для проблемы внутреннего класса с переназначением имени переменной
• code: work-around для eval (functionName), не работающего в JavaScript.
• код: экспериментирование с окклюзией окружающего мира
• code: Обязательные манифесты добавлены для Java Ju51 (январь 2014 г.).
• код: JmolOutputChannel переместился в javajs.util.OutputChannel
• код: jsmol.php исправлено, чтобы разрешить & quot; в методе saveFile
• код: рефакторинг Парсер в javajs.util
• код: DSSP переместился в org.jmol.dssx, уменьшив биомассу JSmol на 20K
• code: пакет iText сбрасывается, больше не требуется, поскольку я написал свой собственный создатель PDF

Требования :

• Стандартная среда исполнения Oracle Java Standard Edition