goby

бычок является Python API для чтения двоичных файлов данных создана при помощи системы управления данными Бычок следующего поколения.
Как правило, этот каталог поставляется как часть полного пакета Гоби, Доступна с:
& NBSP; HTTP: //goby.campagnelab.org/
Полный пакет включает в себя исходный код Java. Если вы скачали этот пакет из PyPI или какой-то другой Python-конкретного источника, вы, возможно, получили только часть Python кода.
Разработка Предупреждение
Библиотеки Бычок Python не так развиты, как в реализации Java. Это может быть более плохо и не предназначено, чтобы обеспечить полный набор функций, которые находятся в версии Java.
Установка
& NBSP; 1. Убедитесь, что у вас есть Python 2.5 или более поздней версии. Если вы сомневаетесь, запустите:
питон -V
& NBSP; 2. Скачать и установить условие питона пакетов:
& NBSP; 1. Буферы протокола
& NBSP; Доступна с http://code.google.com/p/protobuf/ или PyPI
& NBSP;
2. pyjavaproperties - замена Python для java.util.Properties
& NBSP; Доступна с http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& NBSP; 3. Установите пакет бычок:
питон setup.py установить
& NBSP; Этот шаг может потребовать суперпользователя.
Применение:
Пример сценариев предоставляются чтобы продемонстрировать, как получить доступ к содержимому Бычок файлы в Python.
& NBSP; * Вот как сканировать файл выравнивания Бычок:
& NBSP; GobyAlignmentStats.py базовое
(Файлы basename.entries и basename.header должны выйти.)
& NBSP; * Следующая команда выведет содержание выравнивание файл в виде текста:
GobyAlignmentToText.py базовое
& NBSP; * Следующая команда преобразует компактный читает файл в формат FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact считывает
& NBSP; * Следующая команда выведет статистику о содержании договора о считывает файл:
GobyReadsStats.py file.compact считывает

Требования

• Python