Тест системы Биоинформатика является попыткой построить разумную основу тестирования, тесты и данные, для того, чтобы конечные пользователи и поставщики, чтобы исследовать производительность своих систем.
То, что мы пытаемся сделать, это создать основу для тестирования, и основной набор тестов, что все может загрузить и использовать, чтобы исследовать конкретные элементы производительности систем.
Кроме того, источник этих тестов доступны в GPL, и размещаются на Bioinformatics.org и масштабируемой информатики LLC Идея заключается в предоставлении конечным пользователям, потребителям, разработчиков систем и других легко создавать и использовать тесты для значимых измерений и настройки причин ,
Джо земляк из Scalable информатики LLC задумал и написал оригинальные коды. Мы ищем дополнительные тестов предложений кода, тесты, наборы данных и т.д.
Текущие испытания базовых несколько NCBI BLAST работает несколько трасс HMMER, и разнообразные другие. Мы планируем включить ClustalW, тандем X!, Различный химический, динамику и связанных с ними тестов, а также ряд других.
Тесты, такие как LINPACK или HPL просто не дают значимых показателей производительности или прогнозирующие модели для высоких информатики производительности. К сожалению, ни сделать ряд более поздних и сфокусированных испытаний.
Это проблема, как LINPACK и HPL специально тестирования производительности на различных матричных операций, где у вас есть эффективно регулярные паттерны доступа к памяти, и конкретных математических операций.
Эти коды являются наиболее полезными для сравнения кодов с тяжелых операций с плавающей точкой, и чередованием трафика памяти. Эти коды не были предназначены для комплексного сравнительного анализа систем, где диск I / O, латентность памяти, и другие факторы вносят свой вклад в проблемы с производительностью.
Лучшие тесты являются те, которые наиболее близки к кодам будет запускаться на компьютере. Сами испытания должны быть разумные приближения к реальной исполнения кода, используя реальные данные. Вы, возможно, потребуется, чтобы чистить его обратно, чтобы получить реалистичные времени работы.
Вы должны иметь разумную подмножество размеров данных. Один тест не скажет вам, как ваша система масштабируется, и одна из причин, по существования этого теста специально, чтобы позволить вам проверить производительность, вы увеличиваете различные аспекты рабочей нагрузки.
Вы редко получаете покоя системы в кластере, поэтому мы рекомендуем вам попробовать работать в качестве реалистичной рабочей среде, как это возможно. Базовый в покоящейся системе в порядке, но это может установить свои ожидания необоснованно.
Top
Комментарии не найдены