E-Cell System

E-Cell System является концепция построения виртуальных клеток на компьютерах.
E-Cell Система объектно-ориентированного программного обеспечения люкс для моделирования, имитации и анализа крупномасштабных сложных систем, таких как биологические клетки, спроектированные по Kouichi Такахаши и написанных замечательной команды разработчиков. Основные части системы, E-Cell Моделирование окружающей среды версии 3, позволяет много компонентов обусловлен различными алгоритмами различных временных масштабах с сосуществовать.
E-Cell проект является международным исследовательским проект, направленный на разработку необходимых теоретических опор, технологии и программные платформы, чтобы моделирование точный клеток весь.
E-Cell Система состоит из следующих трех основных частей:
- E-Cell Моделирование окружающей среды (или E-Cell SE)
- E-Cell среда моделирования (или E-Cell ME)
- E-Cell Анализ Инструментарий

Особенности

• bbli Основные возможности:
• Объектно-ориентированное моделирование и моделирование сложных систем.
• Plug-в архитектуре. Новые классы пользовательского объекта могут быть разработаны, динамически загружается, и используется в моделировании.
• в реальном времени взаимодействие с пользователем и визуализация в ходе моделирования.


• Сценарии
• Python сценариев сеанса моделирования (манипуляции Run / Stop / параметр / обработка данных и т.д. ...).
• Python сценариев из имитационного эксперимента, который включает много пробегов сессий моделирования (например, настройки параметров, обмена веществ и т.д. анализа управления ..)
• Python сценариев генерации модели файла (например, для автоматизированного построения модели из базы данных).

<класс Li = ""> bbli Совместимость:
• Уровень SBML 1/2 импорта.
• Уровень SBML 1/2 экспорта.


• Параллельные вычисления:
• разделяемой памятью, мульти-нить распараллеливание одной сессии моделирования. (должны быть объединены в основной ветке.)
• Кластер и сетки распределены вычисление нескольких сеансов моделирования. Sun Grid Engine (Globus Toolkit).

Что нового В этом выпуске:.

• Эта версия добавляет различные исправления

Что нового в версии 3.1.107 RC2:

• Исправлена ​​ошибка в ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Исправлена ​​ошибка в ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Что нового в версии 3.1.107 RC1:

• Исправлена ​​проблема сборник на новой GCC (& GT; = 4,3). (Moriyoshi)
• Встроенные pyecs в pyecell. (Moriyoshi)
• Объединенный ecell.emc в ecell.ecs чтобы избежать статического инициализации странность в какой-то платформе (в том числе Mac OS X). (Moriyoshi)
• Два фронтэнды GUI (сессия-монитор и модель-редактор) были возобновлены в два пакеты питона модулей, ecell.ui.osogo и ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• перемещена GtkSessionMonitor в ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor, что проживает в ecell / интерфейс / SESSION_MANAGER. (Moriyoshi)
• Переименован ecell.SessionManager в ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Удалено следующие константы из ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)