Staden Package

Штаден Пакет полностью разработан набор сборки последовательности ДНК (Gap4), редактирования и инструментов анализа (спин) для Unix, Linux, MacOSX и MS Windows.
На передней Gap4 было несколько мелких присоединения связанной
улучшения в том, как десятки объединений в Найти Внутренняя играя и
Функциональность кнопки Align в Вступить Editor.
Также следствие, к gap4 являются различные изменения io_lib (The
Библиотека для всех I / O в различных форматах и ​​следа). С добавлением
новой программы hash_exp теперь позволяет эксперимент файлы, которые будут
объединяются вместе и индексируется. Список имен файлов эксперимент
должны стиль подаваться gap4, но при условии, окружающей среды EXP_PATH
переменная была установлена ​​правильно gap4 смогут принести индивидуальный
последовательности из объединенного файла эксперимента
архив. Улучшения в пользовательском интерфейсе для этого еще нужно, чтобы быть
сделал.
454 SFF архивов в настоящее время лучше поддерживается. В defsult 454 индексы
Теперь работать, хотя программа hash_sff может быть использован, чтобы обеспечить
Альтернативной стратегией индексирования (возможно быстрее в некоторых случаях).
Gap4 и Trev также есть еще один след стиль отображения для следов, что
есть 1 образец сканирования (x4 каналов) за базовую вызова. В этом случае он может
также обратить 4 доверительные значения вместо 1 за базу. Эти способности
позволит лучше интеграция Solexa прослеживает, когда легче
доступный.
Плюс, конечно, обычное соединение исправлений и мелких изменений. Смотрите
полный журнал изменений деталей (через сайт SourceForge).
Другие заметные изменения
Gap4