MetagenomeDB

MetagenomeDB библиотека Python разработана, чтобы легко хранить, извлекать и комментировать метагеномных последовательности и NBSP;. MetagenomeDB выступать в качестве уровня абстракции поверх базы данных MongoDB. Это обеспечивает API для создания и редактирования и подключения двух типов объектов, а именно последовательностей и коллекций:
& NBSP; * последовательности (класс последовательности) может быть читает, контигов, ПЦР клонов, и т.д.
& NBSP; * сборники (Коллекция класс) представляет наборы последовательностей; например, читает в результате секвенирования образца, контигов собран из множества читает, библиотеки ПЦР
Любой объект может быть аннотированный с использованием синтаксиса словарь, как:
#-Первых, мы импортируем библиотеку
импорт MetagenomeDB в MDB
# То создается новый объект последовательности с двумя
# (Обязательные) свойства "Имя" и "последовательность"
S = mdb.Sequence ({"имя": "Мой последовательность", "последовательность": "atgc"})
# Объект теперь можно аннотированный
Принт с ["длина"]
с ["Тип"] = "читать"
# Один раз изменена, объект нужно быть совершено
# В базу данных для модификации, чтобы остаться
s.commit ()
Объекты типа последовательности или коллекции может быть соединены друг с другом для того, чтобы представлять различные наборы данных метагеномных. Примеры включают, но не ограничиваются ими:
& NBSP; * коллекция читает в результате секвенирования перспективе в (отношения между несколькими последовательности объектов и один Collection)
& NBSP; * набор контигов результате сборки набора читает (отношения между двумя объектами сбора)
& NBSP; * говорится, что являются частью контига (отношения между несколькими последовательности объектов и одна последовательность)
& NBSP; * последовательность, которая похожа на другую последовательность (отношения между двумя последовательности объектов)
& NBSP; * сбор, который является частью более крупного коллекции (отношения между двумя объектами сбора)
В результате сеть последовательностей и сбора, который можно изучить с помощью специальных методов; ГНО, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Каждый из этих методов позволяет для сложных фильтров, использующих запросы статуса синтаксис MongoDB:
# Список всех сборников типа "collection_of_reads"
# Последовательность 's' принадлежат
Коллекции = s.list_collections ({"тип": "collection_of_reads"})
# Список всех последовательностей, которые также относятся к этим коллекциям
# С длиной не менее 50 б.п.
для С коллекций:
& NBSP; печать c.list_sequences ({"длина": {"$ GT": 50}})
MetagenomeDB также предоставляет набор средств командной строки для импорта нуклеотидных последовательностей, белковых последовательностей BLAST, и FASTA выравнивания алгоритмов выхода, и файлы АПФ сборки. . Другие инструменты предоставляются, чтобы добавить или удалить несколько объектов, или комментировать их

Требования

• Python