edittag

edittag является сбор приложение для дизайна наборы отредактировать тэги метрических последовательности, проверяя теги последовательность для конформации к редактирования метрики и интеграции теги последовательности, чтобы для конкретных платформ секвенирования адаптеры и ПЦР-праймеров. edittag отличается от других подходов:
& NBSP; * edittag генерирует произвольные длины тегов последовательности редактирования метрика в разумных временных использованием многопроцессорной
& NBSP; * edittag производит редактировать метрики последовательность наборов тегов соответствовать расстоянию редактирования выбранной
& NBSP; * edittag используется Primer3 интегрировать теги последовательности в ПЦР-праймеров
Мы предоставляем несколько больших наборов редактирования метрики тегов последовательности разработаны с использованием edittag в следующих форматах:
& NBSP; * текст - этот файл находится в соответствующем формате для check_levenshtien_distance.py
& NBSP; * CSV
& NBSP; * SQLite базы данных
Цитирование
Фэрклот до н.э., Гленн ТС. Большие наборы идентификации редактирования метрике последовательности
теги, чтобы облегчить крупномасштабное мультиплексирования читает массово
параллельно последовательности. doi_
Установка
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
Wget package.tar.gz
тар -xzf package.tar.gz
питон setup.py установить
хранилище
Git клон Git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
Дополнительный пакет (ру-Левенштейн)
Wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
TAR -xzvf питон-Левенштейн-0.10.1.tar.bz2
питон setup.py установить
Дополнительный пакет (Primer3)
Если вы хотите, чтобы дизайн праймеров включения редактирования метрики теги последовательности, необходимо сначала установить модифицированную версию Primer3:
Git клон Git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD-мод Primer3 / SRC
делать
сделать установку
Убедитесь, что вы двигаетесь двоичные файлы из Mod-Primer3 в месте в вашем пути (перемещение по крайней мере, Primer3-долго и primer3_config в том же каталоге, в вашем пути). Вы можете запустить

Требования

• Python
• NumPy
• Левенштейн
• мод-Primer3