snakemake

системы, как макияж Построить часто используется для создания сложных рабочих процессов, например, биоинформатики & NBSP;. snakemake стремится уменьшить сложность создания рабочих процессов, обеспечивая чистый и современный домена конкретного языка спецификации (DSL) в стиле питона, вместе с быстрой и комфортной среды исполнения.
Установка
- На Ubuntu 12.04, вы можете установить пакет Debian python3-snakemake имеющихся в нашем хранилище запуска.
- В других системах, необходимо рабочую установку Python> = 3.2. В зависимости от вашей системы, вы можете установить snakemake путем выдачи либо easy_install snakemake или easy_install3 snakemake в командной строке. Если у вас нет привилегии администратора, посмотрите на аргумент --user в easy_install.
- И, наконец, snakemake можно установить вручную, загрузив архив с исходным кодом от PyPI.
Использование
Snakemake предлагает простой DSL для описания рабочих процессов, которые создают файлы в нескольких последующих шагов:
образцы = [«01», «02»]
# Можно определить каталог, где работа должна быть сделана.
WorkDir: "путь / к / WorkDir"
# Подобное сделать, определить фиктивные правила, которые действуют как строительных целей.
править всего:
& NBSP; вход: "diffexpr.tsv", ...
править итог:
& NBSP; вход: "{} образец .mapped.bam" .format (образец = S) для образцов с в
& NBSP; выход: "diffexpr.tsv"
& NBSP; запустить:
& NBSP; # ... обеспечить некоторый код питона производить вывод из входных файлов
& NBSP; # e.g. Входные доступ файлов по индексу
& NBSP; вход [1]
и NBSP; # подстановки значения доступ
& NBSP; wildcards.sample
& NBSP; # легко выполнять команды оболочки автоматически с использованием настройки оболочки по умолчанию, имея прямой доступ
& NBSP; # для всех локальных и глобальных переменных через формат minilanguage
& NBSP; темы = 6
& NBSP; оболочка ("somecommand --threads {} {темы вход [0]} {выход [0]}")
править map_reads:
& NBSP; # присвоить имена входных и выходных файлов
& NBSP; вход: читает = "{} образец .fastq", hg19 = "hg19.fasta"
& NBSP; # выходные знак файлы, которые будут защищены от записи после создания
& NBSP; выход: отображается = защищен ("{} образец .mapped.sai")
& NBSP; # желанию определить сообщения, которые будут отображаться вместо общего описания правил по исполнению правила:
& NBSP; сообщение: "Отображение читает {} input.hg19"
и NBSP; темы: 8
& NBSP; оболочка:
& NBSP; # непосредственно обеспечивают команды оболочки (в мульти или одной строкой линии), если синтаксис Python не требуется.
& NBSP; # снова, глобальные и локальные переменные могут быть доступны с помощью формата minilanguage.
& NBSP; # Кроме того, количество потоков, используемых правило может быть указан. Snakemake планировщик гарантирует, что правило выполняется с указанным числом потоков, если достаточно ядра доступны через опцию -j командной строки.
& NBSP; "" "
& NBSP; BWA AlN -t {} {темы input.hg19} {} input.reads> {} output.mapped
& NBSP; некоторые --Другие --command
& NBSP; "" "
Учитывая "Snakefile" с таким синтаксисом, рабочий процесс может быть выполнен (например, с использованием до 6 параллельных процессов) по issueing:
& NBSP; snakemake -j6 -s Snakefile
Для более подробной информации обратитесь к Учебник

Особенности :.

• Define рабочих процессов в текстовой образом, написав правила, как создать вывод файлы из входных файлов в синтаксисе Python простой основе. В отличие от GNU Make (что, прежде всего, система сборки), snakemake позволяет правило, чтобы создать несколько выходных файлов.
• Snakemake автоматически вычисляет которые нуждаются правила должны быть выполнены, чтобы создать желаемый результат.

правила
• И оболочка на основе, а также полный синтаксис Python внутри правило поддерживается. Команды Shell имеют прямой доступ ко всем локальных и глобальных переменных питона.
• Как GNU Make, snakemake можете запланировать параллельных казни правил, где это возможно. Кроме того, в том правило распараллеливание могут быть объединены с интра правило параллелизации (например потоки) и snakemake гарантирует, что количество используемых ядер не превышает заданное значение.
• Файлы могут быть помечены как временные (то есть они могут быть удалены сразу больше не нужен) или защищены (то есть они будут защищены от записи после создания).
• Входные и выходные файлы могут содержать несколько именованных маски.
• Входные и выходные файлы могут быть названы так, что их решения внутри правило становится удобным.
• Карта-уменьшить как функциональность достигается с помощью легко читать питона синтаксис список на слух.
• В качестве экспериментального функции, snakemake может работать в кластере, указав команду представить (например, qsub для Sun Grid Engine).

Требования

• Python