Открыть Бабель является открытым исходным кодом, совместные, бесплатно и мультиплатформенная библиотека программного обеспечения, который был разработан, чтобы действовать в качестве химического инструментов специально оборудованных признать многочисленные языки химических данных. Это просто название и ldquo; Открытое Химия Инструментарий & Rdquo;. Основные особенности glanceWith открытого Бабеля, пользователи смогут искать, анализировать, преобразовывать и хранить данные из химии, молекулярного моделирования, биохимии, а также других смежных областях. Он поддерживает широкий спектр общих форматов химической файлов, в том числе Mol2, SDF / моль, PDB, XYZ, улыбается и ХМЛ.
Кроме того, ООО Вавилон обеспечивает поддержку инструментарий, химической MIME полнофункциональный программиста, СМАРТС Искатель, гибкий атом / Typer облигаций, удаление водорода и добавление, bitvector класс, матричные и векторные преобразования, а также молекулярной тест suite.Under капот и Поддерживаемые операционные systemsOpen Бабель полностью написана в языке программирования С ++. Это и Rsquo; са верно программное обеспечение кросс-платформа, которая поддерживает GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows и операционных систем Mac OS X. Оба 32-битных и 64-разрядных компьютеров официально поддерживается на момент написания this.Getting начался с открытого BabelFirst всего, мы настоятельно рекомендуем вам установить Open Babel, используя заранее построенные бинарные пакеты с программным умолчанию Хранилища ваш дистрибутив. Если ваша система GNU / Linux, оленья кожа & Rsquo; т иметь программное обеспечение с открытым Babel в своих РЕПО, то вы и Rsquo; придется скомпилировать и установка приложения с помощью универсальных архивных источников, доступных на Softoware.
Скачать архив (tar.gz архив), распаковать его на месте по вашему выбору, откройте эмулятор терминала, перейдите к извлеченного папки и выполнить & ldquo;. & CMake Rdquo; Команда (без кавычек), чтобы настроить проект. Затем необходимо запустить & ldquo; сделать и Rdquo; Команда, без кавычек, конечно, скомпилировать его. Пожалуйста, убедитесь, что инструмент CMake установленный в операционной системе до вышеуказанных инструкций
Что нового В этом выпуске:.
- Этот релиз представляет собой крупный баг-фикса-релиз и должно быть стабильным обновление, настоятельно рекомендуется для всех пользователей открытого Бабеля. Многие ошибки и усовершенствования, которые были добавлены в прошлом году с момента выпуска 2.3.0.
Что нового в версии 2.2.2:
- Этот релиз представляет собой крупный релиз ошибка-исправить и является стабильным обновление, настоятельно рекомендуется для всех пользователей открытого Бабеля. В то время как там не может быть много новых возможностей, много аварий и другие ошибки были исправлены, так как 2.2.1.
- Обновление до новой InChI 1.02 релизе, чтобы произвести стандартизированную Inchi и InChIKey выход.
- Исправлена много ошибок стереохимии при чтении / записи улыбки. Это является частью более крупного проекта, который будет закончен в релизе 2.3.
- Исправлена компиляция и установка на Cygwin и MinGW платформ.
- Значительно улучшена ароматичности и Кекуле назначение облигаций.
- Улучшена 2D - и GT; 3D координаты поколения
- Улучшение координации поколения с использованием --gen3d операцию командной строки
- Улучшена производительность для координации поколения.
- Нью---fillUC операция командной строки для Вавилонской.
- Исправления рН-зависимой водорода того.
- Добавлена поддержка для чтения данных из колебательных Molden, Molpro и NWChem выходных файлов.
- Обновлено атомные радиусы из недавних теоретических расчетов.
- Исправлена ошибка при чтении GZIP-сжатых Mol2 или XML файлы.
- Закрыть файлы после ошибки. Исправлена ошибка с Pybel, где файлы будут оставаться открытыми.
- Множество исправлений ошибок и более мелких улучшений особенность. == Новые форматы файлов == Импорт & Экспорт:
- Molpro вход и выход.
- VASP координат файлы (CONTCAR и POSCAR).
Что нового в версии 2.2.1:
- Улучшение интерфейсы сценариев, в том числе Python 3 поддержки и улучшение Java и C # поддержку.
- Добавлена поддержка MACCS отпечатков пальцев. Благодаря проекту RDKit.
- Множество исправлений и улучшений в коде силового поля. В частности, реализация ФФУ силовое поле должен обрабатывать много больше молекул.
- Улучшена 3D координат поколения, в частности, с фрагментами кольца. Вы можете дать этому попытку с obgen полезности.
- Исправлена разнообразие PDB ошибок импортных сортов атомов с.
- Добавлена поддержка для чтения обвинения и радиусов от форматов файлов PQR.
- Добавлена поддержка для чтения и написания модульных ячеек в PDB форматов.
- Нью-Quot; выход & Quot; Формат файла для принятия общего и Quot; .out & Quot ;, & Quot; .log и Quot ;, & Quot и, .dat и Quot; файлы и читать с соответствующим типом файла на основе содержимого. В настоящее время работает очень хорошо для квантовых пакетов химии.
- Добавлена улучшенная обработка ошибок и отчетность, когда не удается загрузить форматы файлов.
- Улучшена поддержка формата файлов CIF.
- Много, много, много дополнительных исправлений и небольших улучшений.
Комментарии не найдены