BioJava

Это обеспечивает аналитические и статистические процедуры, анализаторы для распространенных форматов файлов и позволяет манипулировать последовательностей и 3D структур.
BioJava является инструментом для изучения возможности Java в мире биоинформатики

Что нового В этом выпуске:.

• регистрация соответствии ошибке , SLF4J используется для регистрации и предоставляет адаптеры для всех основных реализаций регистрации.
• Улучшена обработка исключений.
• Удалены устаревшие методы.
• Расширенный учебник BioJava.
• Обновлены зависимости, где это применимо.
• Доступно на Maven Central.

Что нового в версии 3.1.0:

• Новые возможности:
• CE-CP версии 1.4, с дополнительными параметрами
• Обновление Сфера 2,04
• Улучшения в FASTQ разбор
• исправить ошибки в PDB разбор
• Небольшие исправления в структуре группировок

Что нового в версии 3.0.8:

• Новая
• GenBank, писатель
• Парсер для кариотип файла из УСК
• Парсер для мест ген от УСК
• Парсер для названия генов файл с genenames.org
• модуль для регрессии Кокса код для анализа выживаемости
• Расчет доступной площади поверхности (ASA)
• модуль для разбора файлов .OBO (онтологии)
• Улучшение:
• Представление SCOP и Беркли SCOP классификаций

Что нового в версии 3.0.7:

• Добавлена ​​основной анализатор GenBank
.
• Исправлена ​​проблема при переводе кодонов с N.
• Теперь можно сделать вывод облигаций на белковых структур.
• Добавлена ​​поддержка для разбора mmcif записи для организма и системы экспрессии.
• Много маленьких исправлений и улучшений.

Что нового в версии 3.0.6:

• Разработка переехал в GitHub по адресу: HTTPS: // github.com/biojava/biojava

Что нового в версии 3.0.5:.

• Новый анализатор для Кэт классификации
• Новый анализатор для Стокгольмской формате.
• Значительно улучшена представление биологических собраний белковых структур. Теперь можно заново создать биологическую сборку из асимметричной единицы.
• Несколько исправлений ошибок.

Что нового в версии 3.0.4:

• Это, главным образом, исправлена ​​ошибка выпуск решении вопросов в структура и расстройство модули белка.
• Одной из новых возможностей:. Данные SCOP теперь могут быть либо обращались с оригинального сайта SCOP в Великобритании или версии Berkeley

Что нового в версии 3.0.3:

• Значительные улучшения в модуле веб-службы (NCBI взрыв и HMMER веб-службы).
• & Quot; Новый & Quot; fastq парсер (портирована из серии biojava 1 до версии 3).
• Поддержка просеивает-PDB для отображения UniProt.
• модуль Protmod переименован в modfinder.

Что нового в версии 3.0.2:

• структуры белка: Улучшена обработка белковых доменов: Теперь поддерживает СКОП. Новая функциональность для автоматизированного прогнозирования белковых доменов, на основе белка домена Parser.
• Небольшие улучшения и исправления в нескольких других модулей.
• biojava3-аа-проп: Этот новый модуль позволяет рассчитывать физико химических и других свойств белковых последовательностей
.
• biojava3 белка-беспорядок: Новый модуль для прогнозирования неупорядоченных областей в белках. Это основано на реализации Java предсказателя ронн.

Что нового в версии 3.0.1:

• Релиз 3.0.1 в основном исправление ошибка освободить для недавнего 3,0 опубликованном в котором содержится крупный переписать в biojava кода.

Требования

• Java 1.6 или выше