POY

POY является филогенетическое программа анализа, который поддерживает несколько типов данных (например, морфология, нуклеотидов, генов и генных регионах хромосом, и целых геномов). POY является частности в том, что он может выполнять истинного выравнивания и филогения вывода т.е. входных последовательностей не должны быть prealigned. Вставки, делеции, перестановки и, может быть включена в общий счет дерева под Максимальная скупости, или в модели под максимального правдоподобия. Разнообразие эвристических алгоритмов были разработаны для этой цели и реализуются в POY.