Pathomx (ранее MetaPath) является открытым исходным кодом графическое программное обеспечение реализованы в IPython, Qt и PyQt, разработан с нуля, чтобы действовать в качестве интерактивного утилиты для визуализации и анализа метаболических данных под GNU / Linux и других POSIX и NBSP; операционная системы. Первоначально она была разработана для использования для обработки Метаболомика data.Features в течение glanceKey функции включают в себя поддержку для импорта и экспорта ЯМР (ядерно-магнитный резонанс) данных, обработка спектров, в том числе нормализации, биннинга и выравнивания, а также метаболического пути и визуализации добычи. Вы также сможете импортировать геномные и Метаболомика данные с помощью различных маршрутов для визуализации на указанных путей.
Различные MetaCyc аннотации базы данных также включены в приложение Pathomx, среди которых можно отметить унификации базы данных ссылки, синонимы, а также связанные пути и реакции. Пожалуйста, обратите внимание, что база данных MetaCyc происходит от общественного API.
Приложение использует мощную базу данных MetaCyc для быстрого освоения сложных наборов данных, благодаря расширяемой и настраиваемых плагинов. Кроме того, он использует библиотеки NumPy и SciPy по числу обработки, Matplotlib для построения графиков, nmrglue для импорта данных ЯМР, d3.js для интерактивных графиков и scikit учиться для статистического анализа methods.Under капота и поддерживается OSesLooking под капотом Pathomx, мы можем заметить, что заявка была построена на командной оболочки IPython. Он также хорошо работает под управлением операционных систем Microsoft Windows и Mac OS X, для которых он доступен для скачивания в виде готовых бинарных пакетов. Для GNU / Linux, программное обеспечение распространяется только в виде архива, упакованных в исходном совместимый с 32-разрядными и 64-разрядными аппаратными платформами.
При использовании Pathomx, пользователи должны иметь в виду, что приложение использует данные из самого затрагивающего пути базы данных MetaCyc, который является частью семейства BioCyc. MetaCyc API используется для генерации прилагаемый базу данных, которая хранится локально
Что нового В этом выпуске:.
- Добавляют совершенно новый перетаскивания визуальный редактор.
- Это позволяет создавать рабочие процессы анализа путем перетаскивания инструментов в рабочем пространстве, редактирование соединений путем перетаскивания линии передачи данных между инструментами, и с помощью встроенных Просмотры получить обзор текущей обработки.
- Данные могут быть сброшены в рабочей области для мгновенного импорта.
- Это также добавил, жить за-инструмент продвижения уведомления, бары и индикаторы состояния.
- Ошибки помечаются текста справки (всплывающие подсказки по инструментам, когда указано красным цветом).
Требования
- Graphviz
Комментарии не найдены