CLC Main Workbench

Этот 4-недельный полностью функциональный демо CLC Комбинированная Workbench агрегирует все последовательности ДНК анализа CLC Гена Workbench и все последовательности белка анализ CLC белка Workbench. Все анализы были полностью интегрированы в одном, удобном для пользователя и интуитивно понятное приложение программного обеспечения

Что нового в этом выпуске:.

Улучшения

• Обновлено список фермента рестрикции из Rebase & NBSP;.

• Исправлена ​​проблема с запуском BLAST на MacOS Sierra
• Обновленные Pfam ссылки & NBSP;. сообщаемые Pfam Домен инструмент поиска
• Исправлена ​​ошибка, введенный в & NBSP;.. CLC Главное Workbench 7.7.2, где ферменты, перечисленные в алфавитном порядке после того, как RdeGBI отсутствовали сведения метилирование
• Различные мелкие исправления ошибок

Что нового в версии 7.7.2:

Workflows

• Workflow выходы теперь можно настроить таким образом, чтобы вложенные папки, чтобы содержать выходы создаются.
• Новые заполнители доступны при определении названия выходов рабочего процесса: {User}, {хост}, а также для элементов временной отметки выходного объекта, {год}, {месяц}, {день}, {час}, {минута}, {} второй.
• заполнителей в пределах выходных рабочих процессов имен, которые ранее были доступны только в виде цифр, теперь могут быть заданы с помощью письменных имен: {имя} является синонимом {1} и {} вход является синонимами для {2}
.
• 
  <Р класс = "_ mce_tagged_br"> При использовании {2} заполнитель для пользовательского именования в выходных рабочих процессов элементов, только разблокированные входы будут включены в сгенерированным именем.
  
  
• 
  <Р класс = "_ mce_tagged_br"> В сгенерированном PDF показаны все сконфигурированные параметры последовательности действий, записи для параметров подключен к инструменту, или входной элемент теперь список имен определяющих элементов. Ранее списки параметров для таких элементов были оставлены пустыми.
  
  
• 
  <Р класс = "_ mce_tagged_br"> Когда имя инструмента был изменен в рабочем процессе, первоначальное название теперь включено вместе с измененным именем при экспорте параметров рабочего процесса.

• 
  <Р класс = "_ mce_tagged_br"> Представление История элементов данных, созданных с использованием рабочего процесса в настоящее время включает в себя информацию о рабочем процессе, который создал их.
  
  
• Порядок инструментов в рабочем процессе "Add Element" меню теперь соответствует порядку в меню Workbench Toolbox.
• Улучшена проверка рабочего процесса, чтобы помочь пользователю в определении входов, которые будут игнорироваться в связи с конфигурацией элементов рабочего процесса.

& NBSP;

& NBSP;

• Быстрый инструмент Запуск в настоящее время находится в меню панели инструментов вместо меню Вид и кнопка под названием запуска, который приносит этот инструмент был добавлен на панель инструментов.

• Анализы теперь могут быть запущены на элементах данных, перечисленных в таблице результаты локального поиска, выбрав элементы, представляющие интерес, щелкнув правой кнопкой мыши с помощью мыши и навигации через контекстное меню, которое появляется.

  
  

& NBSP;

& NBSP;

• & NBSP, A & NBSP; ". Удалить ассоциации (ы)" вариант для удаления ассоциаций метаданных из выбранных элементов данных был добавлен грех вид элементов метаданных, в правой кнопкой мыши контекстное меню

• В метаданным Найти Associated Data View теперь также можно использовать Найти в области навигации, если выбрано несколько строк.

  
  
• При импорте метаданных из таблицы с формулами в ней, результат оценки по формуле (как показано в Excel) в настоящее время импортируется, а не сама формула.

& NBSP;

• Все коммуникации сервера NCBI теперь в зашифрованном виде. (NCBI будет двигаться все веб-сервисы к протоколу HTTPS 30 сентября 2016 года) & NBSP;.

  
  

• Список ферментов предварительно установленных в инструментальных средствах & NBSP;. Был обновлен с Rebase

  
  

• Параметр "не входит в список" был введен в качестве новой опции фильтрации таблицы.

  
  

• прочитать сведения о группе теперь отображаются на представлении элемента Info списков последовательностей.

  
  

• GenBank импорта теперь также позволяет для имен файлов с расширением 'GBFF'.

  
  

• "Сортировка папка" инструмент теперь использует числовой сортировки для имен файлов с приставкой номером.

• Новые заполнители доступны при определении имен экспортера выходов: & NBSP; {Пользователь}, & NBSP; {хост}, а также для элементов временной метки выходного объекта, {год}, & NBSP; {месяц}, & NBSP; {день}, & NBSP; {час, & NBSP; {минута}, & NBSP; . {} второй & NBSP;
• заполнителей в пределах выходных экспорта имен, которые ранее были доступны только в виде цифр, теперь могут быть заданы с помощью письменных имен: {вход} является синонимом {1}, {расширение} является синонимом {2} и {счетчик} является синоним {3}.

Что нового в версии 7.7.1:

• Исправлена ​​проблема, которая возникла при выполнении рабочих процессов с несколькими входами в пакетном режиме, где изменения в заранее определенных, фиксированные входы, указанные в процессе запуска не были применены.
• Исправлена ​​ошибка, при которой инструмент Motif Поиск неправильно сообщает все совпадения точностей либо как 0% или 100%.
• Исправлена ​​проблема, при которой сортировки папку при сохранении в него может вызвать ошибку.
• Исправлена ​​ошибка в диалоге пакетном режиме, что приведет к ошибке, когда возникали проблемы, связанные с основной файл или данные о местоположении.

Что нового в версии 7.7:

Импорт метаданных - основной и простой импорт метаданных. Этот инструмент дополняет инструменты, доступные в метаданных таблицы редактора.

Что нового в версии 7.6.4:

• Исправлена ​​ошибка, когда поиск последовательностей в НЦБ инструмент не сможет загрузить нуклеотидные последовательности, с сообщением об ошибке "Следующие последовательности не были загружены правильно.
• Исправлена ​​проблема с BLAST в NCBI шаге Создание Протеин отчета инструмента.
• Исправлена ​​ошибка, что приводит к ошибке при экспорте VCF, где данные, участвующие первоначально были импортированы из VCF файлов и значения в поле QUAL были целыми числами & NBSP;.

<Литий> Экспорт с плавающей запятой (десятичных чисел) до VCF & NBSP; формат ранее были в зависимости от указанной местности. Это было исправлено, так что & NBSP; десятичный разделитель & NBSP;. Теперь всегда является точкой
• При выполнении автоматического объединения метаданных, журнал теперь показывает, какие строки метаданных не были связаны с какими-либо данными.
• Исправлена ​​ошибка, не позволявшая метаданные по эксплуатации информацию можно получить из в Workbench.
• Исправлена ​​ошибка, при которой делает автоматическую связь с использованием таблицы метаданных, хранящийся на сервере CLC потерпит неудачу.
• Автоматическое объединение метаданных теперь обрабатывает ассоциацию, основанную на префиксе имен данных, а и точное соответствие с названием всей данных.
нет
• В таблице метаданных больше не нуждается в ключевой столбец для ее строки должны быть вручную связаны с элементами данных.
• Возможность переопределить роли метаданных ранее видимые в конфигурации выходов рабочего процесса был удален.
• Исправлена ​​ошибка происходит, когда Workbench Местоположение данных указывал на файл в системе, а не в папку. Теперь оно будет отображаться как недоступные в области Workbench навигации.
• Enabled всплывающие подсказки для всех параметров при настройке и выполнения рабочих процессов.
• Процесс Логин из Workbench к CLC Теперь сервер должен завершить перед открытием CLC URL начнется.
• Исправлена ​​проблема на Маках, где Workbench не был признан в качестве обработчика пользовательского протокола для CLC:. // URL-адресов
• Решенный редкое исключение, которое возникающую может инициироваться переключения вид редактора с двойным щелчком мыши.

Что нового в версии 7.6.3:

Новые функции и улучшения

• Дозирование на выбранных элементах теперь возможно: он используется для быть ограничено выбранных папок
.
• Теперь можно выбрать "EST" в качестве базы данных при использовании поиска для последовательностей на NCBI инструмента.
• Иерархическая кластеризация образцов инструмента в настоящее время могут быть выполнены в рамках рабочих процессов и на сервере.
• Улучшенное управление памятью при обработке больших элементов отчета.
• Всплывающие на листьях дендрограмм теперь отображается описание последовательности прикрепленным.
• Числа больше не добавляются к именам элементов рабочего процесса при создании копии рабочего процесса с помощью функции "Open Copy рабочего процесса".
• Управление метаданными. Следите входных файлов и импортировать мета-информацию для ваших образцов.

Исправление ошибок

• Исправлена ​​редкая ошибка, при которой происходит верстаке будет отображать сообщение об ошибке при установке 3rd Party лицензионную плагин.
• Исправлена ​​ошибка, при которой выбор запись в таблице результатов Blast может выделить неправильное выравнивание в редакторе Blast, если таблица была отфильтрованной или сортировки.
• Исправлена ​​ошибка, когда нажав на аннотацию в редакторе дизайна Грунтовки может привести к сообщению об ошибке.
• Исправлена ​​ошибка, когда аннотаций, что натянутые концы круговой последовательности будет неправильно помещен в циклической последовательности View.
• Исправлена ​​ошибка, приводившая верстак, чтобы заморозить, если некоторые последовательности были показаны в кругового обзора с радиальным рендеринга этикеток.
• Исправлена ​​ошибка, экспортируемые отчеты, имеющие неправильный автор в определенных ситуациях.
• Исправлена ​​ошибка, в результате чего Создание Box сюжет и главных компонент, анализ иногда может быть запущен с нелегальными аргументами, что приводит к сообщению об ошибке.

<Литий> Выход инструмента обратной комплементарной последовательности теперь получает суффикс-Rc, связанного с именем входа вместо -1 до того.
• Исправлена ​​ошибка в Прогнозировать вторичного инструмента конструкции, когда возможность вычислить функцию распределения была выбрана для длинных молекул (& GT; 1000 нуклеотидов).
• Исправлена ​​проблема, при которой никто не мог увеличить изображение после уменьшения изображения полностью на очень больших рабочих процессов.
• Исправлена ​​ошибка, не позволявшая корневую папку на Windows, диски от использования в качестве файла Местоположение.
• Исправлена ​​проблема, когда обновление существующей установки на Windows, приведет к файлу .vmoptions быть удален, что делает Workbench бег с конфигурацией Java по умолчанию.

Что нового в версии 7.6.2:

• Добавлена ​​работа вокруг вопроса Java, что иногда приводило к Workbench отображения неинформативное ошибку и требует перезагрузки, чтобы продолжить работу.
• Исправлена ​​проблема с запуском BLAST в NCBI, где NCBI-погрешность об их CPU предела использования превышения не сообщается прозрачно и в результате "без хитов" был сообщается вместо.
• Исправление было применено, чтобы избежать исключения в случаях, когда очистка скачанных файлов из BLAST не удалось.
• Обратный Перевести инструмент игнорируется любой генетический код, указанный в таблицах частот кодонов. Весь обратный перевод, таким образом, по умолчанию стандартного генетического кода.
• При установке рабочего процесса с сгруппированных данных, он больше не возможно, чтобы выбрать папку для чтения только для хранения данных.
• Исправлено неверное отображение "Поддерживаемый формат" при экспорте элементов из любого редактора папок или редактора Local Search.
• Исправлена ​​ошибка потенциального неправильного файла сохраняются при редактировании файла найден с помощью редактора Local Search.
• Участки внутри отчетов теперь отображаются с их сохраненные настройки боковой панели.
• Исправлено сохранение различных цветов линии на участках через боковую панель.
• опция Боковая панель, чтобы показать легенды для участка с более чем 10 образцов в настоящее время включен.
• Исправлена ​​ошибка, которая привела к ошибке при визуализации участков для пустых наборов данных.
• Исправлена ​​проблема, когда опция "Пустые корзины" был недоступен иногда неправильно.

Что нового в версии 7.6.1:

• ГЦФ экспортер теперь доступен для главного Workbench.
• транскриптомика эксперимент и образец таблицы теперь могут быть отсортированы, даже с большим количеством строк.
• Улучшение Excel, HTML и табуляцией экспорт вариантов (Выберите только аннотаций / столбцы, нужно).

• Исправлена ​​ошибка затрагивающего "вырезать последовательность до / после выбора" инструмента в редакторе Cloning.
• Исправлена ​​ошибка, при которой была интерпретирована левой кнопкой мыши затем быстро правой кнопкой мыши, как двойной щелчок на OS X (в списке результатов поиска настойчивость, в дереве панели инструментов, и в редакторе рабочего процесса).

Что нового в версии 7.6:

• Треки:
  • Последовательное выход при обогащении вариантные дорожек и аннотаций дорожек с дополнительными столбцов таблицы. Выходные треки из этих инструментов теперь имеют одинаковое количество добавленных столбцов таблицы и столбцы всегда будут находиться в том же порядке. Ранее, если дополнительный столбец имел пустые значения для всех вариантов строк, он был бы удален из финального стола, в результате чего в той или иной номер и относительный порядок дополнительных столбцов, когда несколько образцов были обработаны с теми же инструментами / рабочими процессами. Все столбцы сохраняются в настоящее время, что облегчает дальнейшую обработку экспортируемых таблиц, а также предоставление немедленную визуальную ссылку, как, к которым были применены обогащение / аннотаций инструменты, даже если они не дали никаких результатов для конкретного образца.
  • Столы для вариантных дорожек и аннотаций треков теперь можно сортировать и фильтровать столбцы с ячейками, содержащими несколько номеров.
  • Улучшение зритель трек для варианта трассы, чтобы показать изменение последовательности на оказанной вариант.
  • График треков теперь показывают отрицательные значения заполнены вверх у = 0 (как и ожидалось).
  • Увеличение десятичных знаков для чисел при экспорте таблицы в CSV, табуляцией текст и Excel.
  • Улучшение отчетности ошибок, связанных с низким дискового пространства.
  
  

Что нового в версии 7.5.1:

• Теперь можно запустить рабочий процесс без дополнительного ввода.
• Инструмент AAC не аннотирования варианты в 3 'UTR с их изменением ДНК-уровня с использованием HGVS c.xxx формата. Это влияет на любой анализ, проведенный с Gx 7.5 или более ранней версии, основанной на Ensembl CDS треков из старых полнотекстовые. Анализ AAC должен быть переделан с использованием Gx 7.5.1 для правильной аннотацией.
• Pfam фильтрация ошибка исправлена. Ранее Pfam только сообщил первый домен каждого типа в запросе, и, как следствие было пропущено много доменов. Мы рекомендуем пользователям, чьи исследования зависит от Pfam аннотаций повторно запустить средство на своих данных.
• Исправлена ​​ошибка в инструменте 'максимального правдоподобия филогенезе', которые не удалось при генерации начальной загрузки значения для некоторых входных створах.
• Исправлена ​​проблема с прокруткой в ​​соответствующих файлах при выборе объектов в качестве параметров в волшебников инструментов.
• В результате взрыва текстовые результаты были усовершенствованы таким образом они показывают правильный запрос и предметные позиции независимо от нити.
• Исправлена ​​проблема, которая препятствовала операции BLAST при выборе для запуска их на CLC Server.
• Теперь можно запустить рабочий процесс без дополнительного ввода.