relax

расслабить является открытым свободно распространяемыми программный проект источника и который был предназначен для изучения молекулярной динамики на основе анализа экспериментальных данных ЯМР, поддерживая органические молекулы, РНК, белки, сахара, ДНК и многие другие биомолекулы.

расслабить поддерживает несколько теорий ЯМР, реализует различные инструменты анализа данных в качестве модульных компонентов, и он может взаимодействовать с другими программами, такими как Даша и Modelfree. Кроме того, она поддерживает широкий спектр теорий ЯМР, включает в себя несколько инструментов анализа данных, позволяет пользователям визуализировать данные, а также взаимодействовать с другими программами.

Несмотря на то, что приложение поставляется как с CLI (интерфейс командной строки) и GUI (графический интерфейс пользователя) передний конец, несколько сторонних графических пользовательских интерфейсов (GUI) существуют для отдыха.

Среди поддерживаемых типов анализов, расслабиться может обрабатывать дисперсию релаксации, последовательность испытаний ЯМР множественного поля (ядерный магнитный резонанс) данные релаксации, N-модель состояний и порядок кадров, безмодельного анализ, R1 и R2, НЭ, RSDM (Reduced отображении спектра плотности), а также стереохимии исследований.

Для того, чтобы автоматизировать процесс анализа данных, можно создавать очень сложные сценарии, используя строительные блоки. Для этого, разработчики предоставляют различные примеры сценариев, которые помогут вам понять построение сценариев и более легко создавать свои собственные.

Глядя под капотом, мы можем заметить, что программа полностью написана на языке программирования Python и использует кросс-платформенную Qt GUI инструментарий для графического пользовательского интерфейса, что означает, что он работает на Linux, Microsoft Windows и Mac OS X операционные системы.

Приложение доступно для загрузки в виде двоичных архивов для многих операционных GNU / Linux систем, поддерживающих 32-разрядный (x86) и 64-разрядных (x86_64) набор инструкций, а также архив с исходными кодами.

Что нового в этом выпуске:

• Особенности:
• Множество улучшений для компиляции HTML версии расслабить руководства.
• Обновленный отдохнуть, чтобы устранить все FutureWarnings от NumPy & ге; 1.9, к требованиям завтрашнего дня отдохнуть от предстоящих изменений в поведении NumPy.
• Возможность обрабатывать реплицированную R2, EFF точек данных с помощью relax_disp.r2eff_read функции пользователя, но с добавлением 0,001 до значения частоты для реплицированной точки.
• Новый пример сценария для загрузки файла безмодельного результаты и обратно-вычисления данных релаксации.
• Улучшения для обработки PDB структурных данных.
• Осуществление функции пользователя structure.pca для выполнения принципа анализов компонент (PCA) ансамбля структур.
• Добавление сценария для быстрого развертывания на инфраструктуре Google Cloud Computing.
• Изменения:
• Исправление для жесткой рамы модели порядка 2-й степени матрицы порядка кадров в руководстве. Неправильный символ использовался.
• Удалены newparagraph и newsubparagraph определения из руководства латексом. Они были причиной конфликтов с LaTeX2HTML, предотвращая HTML версию руководства от составления. Эти определения не являются необходимыми для установки тока до этого секционирования в руководстве.
• Модифицированная короткие заголовки в новых моделях рама главе руководства. Рунической A> Z характер был заменен просто 'Daeg'. Это связано с несовместимостью с latex2html который предотвращает HTML руководство от компилируется.
• Удаление определения фиксированной ширины столбца таблицы из латексного ручной преамбулы. Это необходимо, как пробивается определение latex2html совместимости, что приводит к коррупции в нумерации фигуры, в результате чего изображение в HTML, чтобы быть по существу случайным образом.
• Удаление пакета акцентов чтобы позволить HTML руководство для компиляции. Пакет акцентов LaTeX не совместим с latex2html, так что проще исправить это устранить пакет.
• Вручную поворачивать рамку матрицы порядка элемент EPS вручную цифры, для latex2html совместимости. Командование '90 'Rotate был удален и ограничивающий прямоугольник переставляются как B C D - & GT; б -с d -a. Это позволяет угол аргумент в includegraphics {} команду быть отброшено, поскольку latex2html не признает этого. Это позволяет цифры, чтобы быть видимыми в HTML-версии руководства.
• Редизайн порядка кадра параметров таблицы вложенности в руководстве для latex2html совместимости. Таблица использует пакет tikz, который является фатальным для LaTeX2HTML, даже если они не используются. Поэтому таблица в Документах / латекс / frame_order / файл parameter_nesting.tex был преобразован в самостоятельный LaTeX документ для создания обрезанной версии припиской в ​​tikz отформатирован таблицы. Компиляция скрипт был добавлен также. Полученный файл * .ps теперь входит в численное интегрирование секции PCS, а не этого раздела Создание таблицы tikz. Весь текст tikz преамбулы был удален, чтобы позволить latex2html работать.
• Обход latex2html не в состоянии обрабатывать пакет allrunes или связанный шрифт. В преамбуле htmlonly среды символы порядка кадра переопределены с помощью текста 'Daeg' вместо рунический символ A> Z.
• Исправлены ошибки подразделам и надиндексов В руководстве. Это вводит {} вокруг всех подгруппах и верхнего индекса textrm {} экземпляров. Это не требуется для PDF версии руководства, поскольку отсутствует проблема кронштейн избегали, но он влияет на HTML версию руководства, составленного LaTeX2HTML, что требует правильного обозначения. Исправления предназначены для обоих нового главы порядка кадров, а также дисперсии релаксации главы.
• Редактирование и исправления для отдыха 4.0.0 часть файла ИЗМЕНЕНИЙ.

<Литий> Обновленный и улучшенный инструкции вики в контрольном списке документа расслабить релиз.
• Еще одна инструкция вики о проверке мертвых ссылок в релиз контрольного списка документа.
• Более незначительные изменения в разделе "Объявления" на выпуск контрольного списка документа.
• Обновлен скрипт для поиска дублирующихся названий в латексе файлах инструкции.
• преобразовал дубликат ПТС найти скрипт в сценарий Python. Сценарий Python является гораздо более продвинутый и использует другую логику для создания таблицы тиражируемых названий и их подсчета. Сценарий также возвращает статус не удалось выйти, когда существуют дублирующие.
• Старинная реплицированную название найти сценарий Python использовать структуру классов. Это позволяет сценарию импортировать как модуль. Повторности находка была сдвинута в найти) метод (класс.
• Переименован название реплицировать найти сценарий.
• Убрана дубликат тайтла LaTeX найти скрипт. Это в настоящее время обрабатываются гораздо более продвинутый сценарий Python.

<Литий> The Scons компиляция PDF и HTML руководств теперь проверяет реплицированными названий. Новая мишень replicate_title_check была добавлена ​​к сценариям Scons. Это вызывает метод Find () о повторности LaTeX название ознакомительной сценария, чтобы определить, какие названия дублируются, и если так SCons целевой возвращается с sys.exit (1) вызова. Эта цель устанавливается в начале user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch Scons целей. Результатом является то, что руководство не может быть собран при наличии повторных заголовков, заставляя заголовки должны быть изменены. Результатом станет то, что HTML-страницы все будут уникальны, поскольку тиражируемых названий приводит только один HTML страница создается для всех разделов.
• Устранение тиражируемых названий в источниках LaTeX, что новые главы порядка рамки введены.
• Удаление старого реплицированного названия в источниках LaTeX для руководства. Это название «модель-анализ», который используется для всей главы конкретного анализа, а также для анализа секции безмодельного из значений, градиенты и гессенцев для оптимизации главы.
• Исправление и улучшение распечаток для replicate_title_check Scons цели.

<Литий> Обновленный все расслабиться для защиты от будущих изменений, происходящих в пакете NumPy Python. Из Numpy версии 1.9, то FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: сравнение с `None` приведет к сравнению объекта поэлементного в будущем. видно в большой процент всех расслабить-х пользовательских функций. Это пойманы и превратился в RelaxWarning с тем же сообщением. Вопрос заключается в том, что поведение операторов сравнения == и! = Изменится с будущими версиями Numpy. Они были заменены и не является на протяжении всего отдыха кода базы. Изменения также были внесены в minfx и bmrblib пакетов, чтобы соответствовать.
• Более будущая защита от Numpy изменений. FutureWarning является `rank` устарела; используйте `ndim` атрибут или функцию вместо. Чтобы найти ранг матрицы см `numpy.linalg.matrix_rank`. Таким образом, N-состояние метод модели целевая функция paramag_info () был обновлен для использования .ndim атрибут и более длительное использование numpy.rank () функцию.
• Создан тест системы Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Это сделано для того, чтобы поймать ошибка # 23933, то "NameError: не определено глобальное имя" иды "проблемы при загрузке данных релаксации. Укороченный вариант PDB файлов данных и релаксации, полные версии которых прилагаются к отчету об ошибке, состоящей только из остатков 329, 330 и 331, которые были добавлены в тестовый набор общих каталогов данных, и тестовая система записывается поймать NameError.
• Обновленный тест системы Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids, чтобы поймать RelaxMultiSpinIDError. Это позволяет тестовая система проходить, как RelaxMultiSpinIDError ожидается.
• Обновлены minfx и bmrblib версии в релиз контрольного перечня документов для 1.0.12 и 1.0.4. Это, чтобы удалить Numpy сообщения FutureWarning о == None и =! Отсутствует сравнение с Numpy структур данных, которые в будущем будут изменения в поведении.
• Увеличена ГНА! новость секционирования глубину в релиз контрольного списка документа.
• Расширенное описание функции sequence.attach_protons пользователя. Это следует из http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Добавлены исходные данные для тестирования данных от Paul Schanda. Это продемонстрирует, что существует несколько возможностей по повышению R2, метод эфф точки.
• Добавлен тест системы Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Это позволит поймать значений кредитование NAN.
• Сделано дополнительную проверку в чтении последовательности, что значения нан пропускаются.
• Убедившись, что копируемые 4000 Гц точка для эксперимента на 950 МГц не будет перезаписана.
• В тестовой системе Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, добавлен тест подсчета R2, EFF значения. Это показывает, что реплицировать R2, эфф при 950 МГц / 4000 Гц точки затирается. Решение может быть, чтобы изменить частоту дисперсии очень мало, чтобы разрешить добавление точки данных.
• Добавлены дополнительные тесты для Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Это покажет, что размножается R2, ​​эфф значения не обрабатываются хорошо.
• В функции r2eff_read в модуле данных дисперсии, добавлены возможности для чтения R2, ​​EFF значения, которые повторены. Это делается первая проверка, если ключ дисперсия существует в R2, эфф словаря. Если он существует, по-прежнему добавляют от 0,001 до частоты, пока новая возможность не существует. Это должно помочь обрабатывать несколько R2, EFF точек, в виде отдельных значений и не принимая любое решение усреднить их.
• Добавлена ​​ожидание поднимая расслабить ошибку, если пытается построить и никакой информации модель не сохраняется.
• Повышение ошибки при построении кривых дисперсии, и ни одна модель не будет сохранена.
• Изменил пример сценария для анализа данных.
• Расширенный тест системы Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 включить автоматический анализ и кластерные припадки. Это должно показать, что анализ теперь возможно.
• Добавлен временное состояние и скрипт для настройки графического интерфейса пользователя к данным Paul Schanda.
• Добавлен тест Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Это покажет, что загрузка состояния создаст проблему. Traceback (самый последний вызов последнего): TypeError:. Int () аргумент должен быть строкой или числом, а не 'NoneType'
• Добавлен пример сценария для данных релаксации дублирующих вычисления из безмодельного файла результатов. Это полезно, когда файл результатов не окончательная модель, так как эти результаты файла не содержат резервные данные рассчитаны. Это в ответ на Кристины Моллера запроса поддержки # 3303.
• Использование lib.float.isNaN Гэри () вместо math.isnan (), чтобы иметь обратную совместимость с Python 2.5.
• Исправлена ​​орфографическая ошибка и документирование нового поведения relax_disp.r2eff_read, при чтении R2, EFF точки с той же частотой. Если спин-контейнер уже содержит R2, EFF значения с 'частотой CPMG импульса »или« спин-блокировки напряженности поля', частота будет изменяться в бесконечно малой малой величиной ± 0,001 Гц. Это позволит дубликатов или более одного и того же частоты.

<Литий> Модифицированный внутренний структурный объект, который будет меньше зависит от формата PDB. Серийный номер PDB теперь разумно обрабатывается, в том, что он сбрасывается в 1, когда создается новая модель. Эта информация по-прежнему сохраняется для поддержки логики чтения Conect записей, и будут устранены в будущем. Информация цепи ID теперь больше не хранятся во внутренней структурной объекта, так как эта информация воссоздан функции пользователя structure.write_pdb на основе того, как был создан внутренний структурный объект.
• Обновление тестовых классов Ное и Структура системы для внутренних изменений структурных объектов. Теперь Серийный номер не может быть сброшен, и информация цепь ID больше не хранится.
• Добавлен файл тестового набора совместно используемых данных, чтобы помочь осуществить структурный анализ PCA. Это N-домен Кулачок-IQ комплекс, используемый в анализе порядка кадра. Это первые 5 структуры из вызова функции пользователя frame_order.distribute, с различными жесткими тел объединены вместе в одну молекулу.
• создания учетной записи пользователя structure.pca конец функции передней панели. Это в настоящее время по образцу structure.rmsd пользовательской функции базы.
• Базовая реализация пользователя structure.pca функции задней части. Это функция новый PCA () модуля pipe_control.structure.main. Он просто выполняет некоторые проверки, собирает атомные координаты, и передает управление функции расслабить библиотека pca_analysis () в настоящее время нереализованных модуля lib.structure.pca.
• Частичный реализован на РСА-анализа в библиотеке расслабиться. Это для новой функции пользователя structure.pca. Модуль lib.structure.pca был создан, и функцию pca_analysis (), созданный для вычисления матрицы ковариации структуры, с помощью функции calc_covariance_matrix (), а затем вычислить собственные значения и собственные векторы матрицы ковариации, сортируя их и усечения к желаемое количество режимов PCA.
• Добавлены аргументы алгоритма и num_modes функции пользователя structure.pca. Они прошли весь путь в библиотеке расслабиться бэкэндом.
• Реализован алгоритм SVD для анализа PCA в библиотеке расслабиться. Это просто вызывает numpy.linalg.svd ().
• Анализ PCA в библиотеке отдыха в настоящее время рассчитывает за структуру проекции вдоль ПК.
• Функция анализа PCA в библиотеке отдыха теперь возвращает данные. Это включает в себя значения PCA и векторы, а за структуру проекции.
• Значения и векторы PCA, и в структуре проекции теперь сохраняются. Это в функции внутреннего интерфейса пользователя structure.pca в модуле pipe_control.structure.main.
• Добавлен формат и Дира аргументы функции пользователя structure.pca. Это на передней и задней части заканчивается.
• модифицировали assemble_structural_coordinates () метод возвращать больше информации. Это из модуля pipe_control.structure.main. Списки логический аргумент теперь принято, которое будет вызывать функцию дополнительно возвращать список ИД объекта на молекулу, список номер модели на одну молекулу, и молекула список имен на одну молекулу.
• Функция пользователя structure.pca теперь создает графики проекций ПК. Это включает в себя PC1 против PC2, PC2 против PC3 и т.д.
• Добавлены результаты Gromacs PCA для файла distribution.pdb. Это включает в себя сценарий, который используется для выполнения всех частей Gromacs и все выходные файлы.
• Обновление результаты Gromacs PCA для последней версии 5.1.1 Gromacs.
• Создан начальный тест системы Structure.test_pca. Это выполняет новую пользовательскую функцию structure.pca, и проверяет, есть ли данные хранятся в cdp.structure.
• Улучшение графики в интерфейсе функции пользователя structure.pca. Графики теперь сгруппированы таким образом, что различные модели одной и той же структуры в той же трубе данных находятся в пределах одного набора графов. Заголовка графика также была улучшена.
• Расширенная тестовая система проверки Structure.test_pca сравнить со значениями от Gromacs.
• средневзвешенное структура теперь может быть вычислена. Это для функции calc_mean_structure () из библиотеки модулей расслабить lib.structure.statistics. Массы теперь могут быть поставлены для каждой структуры, чтобы обеспечить среднее взвешенное рассчитать и возвращается.
• Добавлена ​​поддержка структур наблюдателя в функции пользователя structure.pca. Это позволяет подмножество структур, используемых в анализе ПК, чтобы иметь нулевой вес таким образом, чтобы эти структуры могут быть использованы для целей сравнения. В obs_pipes, obs_models и obs_molecules аргументы, которые были добавлены к пользовательской функции переднего конца. Бэкэнда использует это, чтобы создать массив весов для каждой структуры. И функции lib.structure.pca использовать нулевые веса для удаления структуры наблюдателей из расчетов в режиме ПК.
• Создан тест системы Structure.test_pca_observers. Это для тестирования новых структур наблюдателя понятие функции пользователя structure.pca.
• Улучшение распечатки данных из библиотеки расслабить принцип компонентного анализа. Это в функции pca_analysis () модуля lib.structure.pca.
• Исправления и улучшения для графиков, полученных с помощью функции пользователя structure.pca. Различные наборы теперь правильно созданы, и теперь обозначены на графиках.
• Добавление сценария тестирования Deploy, для быстрого развертывания на Google Cloud Computing. Это для предполагаемого установить в Ubuntu 14.04 LTS.
• Расширение скрипт для установки.
• Ввод установки в функции в сценарии развертывания.
• Нарезка развернуть скрипт на несколько небольших функций.
• Добавление заявления проверки, чтобы установить скрипт.
• При поиске сценариев, некоторые функции могут быть выполнены вместо этого.
• Добавлены пробелы для установки скрипта для улучшения печати. ​​
• Добавление учебник сценарий.
• Добавление 2 учебника сценариев.
• Исправлена ​​небольшая ошибка спина ID в учебнике сценарий.
• Создана тестовая система для ловли ошибка # 24131, провал экспорта BMRB когда объект SpinContainer не имеет атрибута S2, как сообщает Мартин Ballaschk.
• Модифицированный тест системы Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition для проверки RelaxError. Результаты испытаний в RelaxError, так как файл результатов не содержит выбранных закрутки.
• Добавлен тест системы Mf.test_bug_24131_missing_interaction, чтобы поймать еще одну проблему. Это часть ошибки # 24131, провал экспорта BMRB с объектом SpinContainer, не имеющим никакого значения S2. Однако предыдущее исправление пропуска дезактивируете закрутки представила новую проблему расслабиться до сих пор в поисках межатомных взаимодействий для этого выключенного спина.
• Bugfixes:
• Реплицированными заголовки в HTML-версии руководства, расслабиться и, следовательно, реплицируются имена файлов HTML стирая предыдущих разделов, были устранены.
• Исправлена ​​ошибка # 23933, в "NameError: глобальное имя" иды "не определен" проблемы при загрузке данных релаксации. Ошибка была введена еще в ноябре 2014 года, и из-за некоторого неполного кода обработки ошибок. Проблема заключается в том, что тип спин, что данные релаксации принадлежит (@N против @H) не был указан. Теперь правильно RelaxMultiSpinIDError поднята. Переменная иды не существовало. - Это был код, который планировалось добавить, но не было и было забыто
• Исправлена ​​ошибка КСА постоянного уравнения в безмодельного главе руководства. Это был замечен Кристина Моллера и сообщил о расслабить списке рассылки.
• Исправлена ​​ошибка для хранения XML-структурного объекта в государственных и файлов результатов. Ранее любые объекты, добавленные к cdp.structure (или любой объект, структура) не будет сохранено с помощью метода структурного объекта to_xml (), если эта функция не будет явно изменен, чтобы сохранить этот объект. Теперь все объекты, присутствующие будут преобразованы в XML.
• Исправлена ​​ошибка для анализа дисперсии релаксации в графическом интерфейсе, а пойманного с помощью теста Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 графического интерфейса пользователя. При загрузке из состояния файла сценария, значение None может присутствовать. Это в настоящее время устанавливаются на стандартные значения.
• Исправлена ​​ошибка, при работающем расслабить на сервере без графического дисплея и с помощью Matplotlib. Ошибка была обнаружена с помощью теста системы Relax_disp.test_repeat_cpmg. И ошибка генерируется было: QXcbConnection: Невозможно подключиться, чтобы отобразить. Прервано (ядро сбрасывали). Бэкэнда из Matplotlib должен быть изменен. Это, например, описано в: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display и http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Модифицированная поведение bmrb.write функции пользователя бэкэндом для анализа безмодельного (исправление для ошибки # 24131). Это в методе bmrb_write () модели свободных API анализа. Дезактивируете закрутки теперь пропускается, и проверка была добавлена, чтобы быть уверенным, что спина данные были собраны.
• Другое исправление ошибки # 24131, провал экспорта BMRB когда объект SpinContainer не имеет атрибута S2. Теперь никакие данные не сохраняются в файле BMRB, если безмодельный модель не была создана для спина. Это позволяет тестовый пакет для передачи.
• Исправлена ​​ошибка, чтобы тестовая система Mf.test_bug_24131_missing_interaction пройти. Это часть ошибки # 24131, провал экспорта BMRB с объектом SpinContainer, не имеющим никакого значения S2. Проблема заключалась в том при сборке данных тензора диффузии. Функция spin_loop () вызывался, как тензор диффузии сообщается для всех остатков. Поэтому skip_desel = True, была добавлена, чтобы соответствовать безмодельного часть.

Что нового в версии 4.0.0:

• Особенности:
• Окончательный, полное и правильное применение теории порядка кадров для изучения жестких движений тела. Это в настоящее время для анализа RDC и PCS данные из внутренне выстроенными системами.
• Изменения:
• Удаление функции пользователя frame_order.average_position и все связанные с этим бэкэнда кода. Эта функция пользователя позволяет пользователю указать пять различных типов смещения в среднее положение движущегося домена: чистое вращение, без перевода, вокруг оси движения в системе; вращение вокруг оси движения системы вместе с переводом; чистый перевод, без вращения; вращение вокруг центра масс движущегося домена без перевода; вращение вокруг центра масс движущегося домена вместе с переводом. Теперь последний вариант будет по умолчанию, и единственным вариантом. Этот параметр эквивалентен стандартному алгоритму наложени (сам алгоритм Kabsch) к гипотетической структуре в реальном среднем положении. Остальные четыре связаны с историей развития теории. Они ограничивают полезность теории и только вызовет путаницу.
• Очистка кода целевой функции порядка кадра. Это соответствует предыдущее изменение удаления функции пользователя frame_order.average_position. Изменения включают в себя удаление флага оптимизации перевода, поскольку теперь это выполняется всегда, и удаление флага, который вызывает средняя точка вращения домена поворота, чтобы соответствовать двигательный точки поворота, как они теперь постоянно развязаны.
• Алфавитный порядок функций в модуле lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• Устранено все модели 'линии' порядка кадров, так как они еще не реализованы. Это просто код внешнего интерфейса -. Бэкенд не существует
• Обновленный изотропный конус СаМ оптимизации тестовый заказ рама модель сценария. Из-за не все изменения в анализе порядка кадров, старый сценарий был больше не работает.
• Созданный сценарий для моделей тестирования порядка CaM кадров для нахождения средней позиции домена. По мере того как вращение вокруг неподвижной оси была устранена, переход от 1J7P_1st_NH_rot.pdb к 1J7P_1st_NH.pdb должен быть преобразован в поступательного и вращательного движения вокруг обыкн. Этот скрипт будет использоваться для замены функция вращения углы Эйлера с вектора сдвига и СOM вращения углов Эйлера. Однако structure.superimpose функции пользователь должен быть изменен, чтобы обрабатывать как стандартные центроид накладывание, а также обыкн наложению.
• Обновленный тестовый порядок модели накладывание скрипт CaM кадров. Structure.superimpose пользовательская функция теперь корректно называется. Выходной файл журнала был добавлен в хранилище, поскольку он содержит правильный перевод и информацию вращения Эйлера, необходимые для испытания моделей.
• Обновление параметров для изотропного конуса СаМ оптимизации Порядок тестирования кадров модель сценария. Углы Эйлера для вращения вокруг оси поворота двигательной были заменены параметрами вращения CoM вектор сдвига и угла Эйлера.
• Исправление для ряда моделей порядка кадров, которые не имеют ограничений параметров. Функция linear_constraint () возвращал A, B = [], [] для этих моделей, но эти пустые Numpy массивы вызывали библиотека minfx потерпеть неудачу. Эти значения теперь пойманы и алгоритм ограничения выключен в минимизации () конкретного метода API.
• Повышение точности всех данных в Кулачок кадра тестовый порядок формирования данных базового сценария. Они все были преобразованы из float16 к float64 Numpy типов.
• Исправлена ​​ошибка установки ошибки RDC в Кулачок кадра тестовый порядок формирования данных базового сценария. Структура rdc_err данные расположены в межатомных контейнеры данных, в настоящее время нет спиновые контейнеры.
• Модификация структуры нагружения части Кулачок кадра базовой генерации данных для того сценария. Структуры теперь загружается только если флаг DIST_PDB установлен, так как они используются только для генерации распределения 3D структур. Это экономит много времени и памяти компьютера.
• Огромный убыстрение Кулачок кадра базовой генерации тестовых данных для того сценария. При использовании многомерных массивов Numpy для хранения атомных позиций и единичных векторов XH всех спинов, и выполнение поворотов на этих структурах с помощью numpy.tensordot (), расчеты в настоящее время в 10 раз быстрее. Индикатор прогресса должен был быть изменен, чтобы показать каждую 1000, а не 100 итераций. Вращения позиций и векторов теперь выполняются последовательно, случайно исправление ошибки с моделями двойного движения (то есть модели «двойной ротор»).
• Изменен тестовый порядок формирования данных базового сценария CaM кадров для экономии оперативной памяти компьютера. Вектор XH и атомные структуры положение данных для всех N вращений теперь от numpy.float32, а не типа numpy.float64. Основное изменение заключается в вычислении усредненных RDCs и усреднены PCSS отдельно, исключив N-размерных структур данных после того, как файлы данных записываются.
• Полная реконструкция Кулачок кадра базового сценария формирования данных для того, чтобы скорость и память экономии. Несмотря на то, повернутый вектор XH связь и атомный код позиция была очень быстро, объем памяти, необходимый для хранения их в спиновых контейнерах и межатомные контейнеры данных была огромной, когда N & GT; 1E6. Последующие вызовы функции rdc.back_calc и пользователь pcs.back_calc также займет слишком много времени. Поэтому базовый сценарий был переработан. Метод _create_distribution () был разделен на четыре части: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution () и _pipe_setup (). Метод _pipe_setup () вызывается предварительно настроить трубу данных со всеми необходимыми данными. Тогда _calculate_rdc () и _calculate_pcs () методы, и, наконец, _create_distribution (), если флаг DIST_PDB установлен. Вызовы пользовательских функций rdc.back_calc и pcs.back_calc были устранены. Вместо этого _calculate_rdc () и _calculate_pcs () методы расчета усредненной RDC и PCS себя как Numpy структуры массива. Вместо того, чтобы хранить огромные повернутые векторы и позиции атомов структуры данных, ЦДИ и PCSS суммируются. Затем они разделены self.N в конце, чтобы средние значения. По сравнению со старым кодом, когда N устанавливается до 20 миллионов использование оперативной памяти падает с ~ 20 ГБ до ~ 65 МБ. Общее время работы также уменьшается на одну систему от нескольких дней до нескольких часов (на порядок или два величины).
• Изменено обновление индикатора выполнения для Кулачок кадра тестовый порядок формирования данных базового сценария. Вертушка был слишком быстрым, обновление каждые 5 приращения, и в настоящее время обновляется каждый 250. А общее число теперь печатается только каждые 10000 приращений.
• Улучшения индикатор хода для Кулачок кадра базовой генерации тестовых данных для того сценария. Запятые теперь печатаются между тысячами и цифры теперь выравнивается по правому краю.
• Значительное увеличение в точности RDC и PCS усреднения. Это для Кулачок кадра базовой генерации тестовых данных для того сценария. Суммируя RDCs и PCSS в текущем 1D numpy.float128 массивов (для этого требуется 64-разрядная система), а затем деления на N в конце, среднее значение может быть вычислено с гораздо более высокой точностью. Поскольку N становится больше, численное усреднение вводит большие и большие объемы усеченных артефактов. Таким образом, это изменение устраняет это.
• Исправление для RDC и PCS усреднены в Кулачок кадров тест порядка формирования данных базового сценария. Для модели двойного ротора или любой кратной модели двигательной режима, усреднение было неверным. Вместо того, чтобы деления на N, значения должны быть разделены на N ^ М, где М число двигательными режимов.
• Огромный увеличение точности для данных испытаний модели свободных ротора CaM порядка кадра. Чем выше точность, так как число структур в распределении сейчас двадцать миллионов, а не один миллион, а значительно более высокая точность numpy.float128 усреднение базового сценария обновлен генерации данных был использован. Эти данные должны позволять гораздо лучшую оценку значений параметров позиции бета и гамма среднем домена для свободных моделей ротора, которые пострадали от распада параметра альфа до нуля.
• Огромный увеличение точности для данных испытаний модель двойного ротора CaM порядка кадра. Чем выше точность, потому что количество структур в распределении в настоящее время более двадцати миллионов (4500 ^ 2), а не на четверть миллиона (500 ^ 2).
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  

персонаж.