PathVisio

PathVisio является открытым исходным кодом и совершенно бесплатно графическое приложение реализовано на языке программирования Java и разработана с нуля до быть использованы для отображения, анализа и редактирования биологические пути под операционной GNU / Linux system.Can быть использованы для рисования пути , ссылаются биологическая программа entitiesThe позволяет пользователям рисовать пути, ссылаются биологические объекты (белки или гены) к биологическим данным, используя идентификаторы баз данных, редактировать пути, а также для анализа путей. С PathVisio вы также сможете карту экспериментальные данные, такие как данные микрочипов, и визуализировать его на верхней части существующего затрагивающего пути рисунка.
Кроме того, вы сможете выбрать базу данных генов, выберите метаболизма базы данных, просматривать статистику, данные выражения импорта, выберите выражение набора данных, поиск путей, вид легенды, манипулировать объектами, импорт проектов, а также для установки и управления плагинами, в который можно добавить дополнительную функциональность в app.Requires нет installationThe приложение не могут быть использованы без установки его на вашей операционной системы GNU / Linux. Все, что вам нужно сделать, это загрузить двоичный пакет из Softoware, сохранить архив на месте по вашему выбору, извлекать его с помощью утилиты менеджер архив, открыть извлеченный каталог, и дважды щелкните на pathvisio.jar file.Under в hoodWhile принимая быстрый взгляд под капотом программного обеспечения PathVisio, мы и Rsquo; ве заметил, что приложение полностью написан на языке программирования Java, и что его графический пользовательский интерфейс разработан с учетом новейших технологий Java Swing. Мы и Rsquo; ве успешно протестировали приложение на компьютерах, поддерживающих любой из 32 или 64-разрядных процессоров architectures.Runs на любой ОС, где Ява supportedBeing, написанных на языке программирования Java, PathVisio может быть объявлен независимый от платформы приложения, поддерживающего GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, и любая другая операционная система, где поддерживаются все Java технологии

Что нового В этом выпуске:.

• Январь 31 2014: Ошибка выпуск исправление
• Условия GeneOntology теперь удалены из результатов поиска аннотации
• узлы DataNode должны быть аннотированный с ID и Datasource или ничего (сохранения узлов данных с единственной ID или источника данных не допускается больше)

Что нового в версии 3.1.2:

• Основные ошибка в модуле импорта файла исправлено: HTTP: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Что нового в версии 2.0.11:

• Автосохранение
• Масштабирование с помощью колеса прокрутки
• Выбор линий не легче: больше нет необходимости нажимать на точную пикселя
• Теперь с двух методов более-представительства анализа; одним из механизмов, ориентированных на и один ориентированный на данные

Что нового в версии 2.0.10:

• Новый способ нанесения скругленные прямоугольники, чтобы избежать растяжения эффект
• Различные мелкие исправления

Что нового в версии 2.0.9:

• Новый тип разъема для разъема произвольной длины и произвольного углы
• Нью-Quot; клеточный компонент & Quot; Недвижимость для хранения биологический смысл купе
• Нью-Quot; двойной & Quot; тип линии (особенно полезно для двойных membraned органелл)
• Интерактивные гиперссылки на пути
• см рубеж: & Quot; milestone_27 & Quot; для полного списка исправлений

Что нового в версии 2.0.8:

• Улучшенные формы для клеточных компонентов
• Несколько улучшений юзабилити, таких как копирование / вставка в контекстном меню
• см рубеж: & Quot; milestone_26 & Quot; для полного списка исправлений

Что нового в версии 2.0.7:

• Значки панели инструментов и новая боковая панель, чтобы сделать его проще выбрать типы стрелок и форм (благодаря liubing)
• Тропинка базы данных включены в качестве источника данных, так что вы можете добавить ссылки из одного пути на другой
• BioPAX Конвертер была улучшена и производит более действительные документы BioPAX.
• новый тип разъема, где отдельные точки можно манипулировать (спасибо leonth)
• Количество источников данных была увеличена до более чем 180
• см рубеж: & Quot; milestone_25 & Quot; для полного списка исправлений

Что нового в версии 2.0.6:

• Количество анкеров номер на форме может быть увеличена от 12 умолчанию.
• Легенда визуализации данных теперь могут быть показаны на само изображение пути. Ранее он был виден только в боковой панели.
• см рубеж: & Quot; milestone_24 & Quot; для полного списка исправлений

Что нового в версии 2.0.4:

• улучшилась форматирование текста форм, этикеток и DataNodes
• много больше формы для DataNodes
• простой пиксельные координаты
• установить цвет фона на DataNodes

Что нового в версии 2.0.3:

• Наиболее заметным в этом выпуске новый XML-схемы для формата ГПОД пути (версия 2010a). Этот новый формат путь позволит много новых возможностей графических будущее, вы можете рассчитывать на некоторые из тех, которые появляются в следующем выпуске.
• Другие новые функции:
• Невидимые якоря действительно невидимым, по крайней мере, когда-то связанные с ними (Спасибо Марго)
• Дополнительные опции -v командной строки (благодаря Марку)
• В настоящее время выбран базы данных отображается неправильно в строке состояния снова
• Много новых точек расширения для разработчиков плагинов
• см рубеж: & Quot; milestone_21 & Quot; для полного списка исправлений

Что нового в версии 2.0.1:

• Улучшен алгоритм для автоматического разъемов, которые указывают на якорь .
• Улучшена отрисовка типов стрелками, которые имеют короткий и Quot; разрыв & Quot; в конце.
• Поскольку служба Thawte Freemail был отменен, мы обновили наш сертификат безопасности
• Путь История просмотра была ошибка, где каждая строка считалась изменены, даже если это не было. Это было исправлено.

Требования

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment