MacMolPlt является инструментом визуализации химии, которые могут быть использованы для создания молекулы с интегрированным графическим Model Builder, создать входные файлы для вычислительной программы химии GAMESS, а затем визуализировать результаты вычислительных трасс химии. Особенности включают в себя высокое качество 3D-дисплей, анимацию нормальных режимах и последовательностей реакции и выход к различных форматах, включая изображения высокого качества и QuickTime и Flash-фильмов.
- Ввод с помощью:
- Формат MolPlt файл штампуют по GAMESS
- по оклейке в декартовых координатах с любого GAMESS или Gaussian лог-файл
- любой GAMESS вход, войти или IRC файл
- Xmol стиль XYZ файл
- Файлы формата Molden
- Белок Банк данных (PDB файл)
- Химическая Markup Language (CML) файлы
- Build графически с редактором интерактивного молекулы
- Build использованием декартовой или Z-матрица стиль внутренние координаты вручную
- 3D-дисплей структуры и обычный режим
- Анимация нормальных режимах.
- 3D вращение в режиме реального времени и перевод под управление мышью
- Расчет любого параметра Z-матрицы
- Визуально мера / отображать расстояния, углы и двугранных углов.
- Автоматическое создание линейных наименее движение (LLM) путей
- 2D и 3D вычисление и отображение
- Молекулярные орбитали (АО, Женская, МО, или ЖИО)
- Общая плотность электронов
- различия плотности
- Молекулярная электростатических потенциалов (MEPMaps)
- Основные входной файл генератор GAMESS
- OpenGL используется для высококачественной 3D-рендеринга
- Поддержка молекулярной симметрии
- Создать симметрии зависимые атомы
- Определить симметрии уникальные атомов
- Автоматически определяет перечень поддерживаемых точечных групп для набора координат.
- Повернуть координаты в надлежащем принцип ориентации
- операторы Показать симметрии для многих точечных групп
- Выход качество публикации (цветная или черно-белая) с помощью прямая печать или скопировать и вставить в другое приложение.
- Вывод в различных формах, включая Windows Bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, леев molfile, POV-Ray, флеш-роликов и QuickTime фильмов.
Что нового В этом выпуске:
Несколько усовершенствований были сделаны к коду отображения. Опции были добавлены к 3D панели prefernces для плавного затенения с и без теней.
Добавлено элементарный поддержку MOPAC файлов.
Добавлена опция для переключения видимости неэмпирических, MM, и атомов EFP.
Улучшена поддержка базовой модели потенциалов.
Добавлено крючок во входном строителя для новой программы GAMESSQ.
Улучшена PDB файла парсер.
Комментарии не найдены