Генома мРНК профилирование обеспечивает снимок глобального состояния клеток при различных условиях. Тем не менее, уровни мРНК не обеспечивают прямой понимание вверх по течению регуляторных механизмов. Expression2Kinases (х2к) представляет собой новый подход к идентификации вверх по течению регуляторы, скорее всего, ответственных за наблюдаемые изменения в экспрессии генов генома. Благодаря интеграции чип-SEQ / чип и позиции вес-матриц (ШИМ), данных белок-белковых взаимодействий, и реакции фосфорилирования киназы-подложки х2к может быть использован для идентификации регуляторных механизмов перед генома различия в экспрессии генов. Идея состоит в том, чтобы сначала заключить наиболее вероятные факторы транскрипции, которые регулируют различия в экспрессии генов, а затем использовать белок-белковых взаимодействий для подключения выявленных факторов транскрипции, используя дополнительные белки для построения транскрипционные регуляторные подсетей, сосредоточенные на этих факторах, и, наконец, использовать киназы-подложку фосфорилирования белка реакции, чтобы идентифицировать и Оценка кандидатов белка-киназы, которые, скорее всего, регулируют формирование определенных транскрипционных комплексов. Х2к также содержит инструменты для выполнения гена-лист обогащение анализирует и прогнозировать лекарств, которые могут повернуть вспять или усугубить изменения в экспрессии генов. . Подход х2к может продвигаться наше понимание клеточной сигнализации и разгадать наркотиков механизмы действия
Требования
Java Runtime Environment 6.0
Комментарии не найдены