DendroPy

Это обеспечивает классы и функции для работы с филогенетических данных, таких как деревья и характера матриц.
Он также поддерживает чтение и запись данных в диапазоне стандартных форматах филогенетических данных, таких как Nexus, NeXML, PHYLIP, Newick, FASTA, и т.д. ..
Кроме того, скрипты для выполнения некоторых полезных филогенетические вычисления распределяются в рамках библиотеки, такие как SumTrees, который суммирует поддержку расколов или клады данных по заднему образца филогенетических деревьев.
Там распространены документацию и обучающие файлы в пакет загрузки

Что нового В этом выпуске:.

• Новая инфраструктура для метаданных аннотации:. AnnotationSet и Аннотация
• Полная поддержка NeXML 0,9 разбор метаданных и письменной форме.
• get_from_url () и read_from_url () методы в настоящее время позволяют для чтения филогенетических данных с URL.
• модуль совместимость Добавлено ГИМБ (& Quot; dendropy.interop.gbif & Quot;)
.

Что нового в версии 3.12.2:

• Новая инфраструктура для аннотаций метаданных: AnnotationSet и Аннотация.
• Полная поддержка NeXML 0,9 разбор метаданных и письменной форме.
• get_from_url () и read_from_url () методы в настоящее время позволяют для чтения филогенетических данных с URL.
• модуль совместимость Добавлено ГИМБ (& Quot; dendropy.interop.gbif & Quot;)
.

Что нового в версии 3.11.0:

• Новый скрипт приложение для объединения отраслевых этикетки со всей несколько входных деревья:. sumlabels.py
• Новый класс совместимость dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. обертка для Seq-Gen интегрированы в библиотеку
• Новая функция совместимость dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. обертка для выравнивания MUSCLE
• Новый класс совместимость dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. обертка для RAxML
• метод prune_taxa () добавлены в CharacterMatrix.
• Модули Математические переехал к своей подпакет:. dendropy.mathlib
• Новый модуль для матричных и векторных вычислений:. dendropy.mathlib.linearalg
• Новый модуль для статистического расчета расстояния:. dendropy.mathlib.distance
• Семья Махаланобиса расчет расстояния функций в dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Махаланобиса, mahalanobis_1d

Что нового в версии 3.9.0:

• Новые возможности:
• филогенетических независимые контрасты (ПОС) анализ теперь может осуществляться с помощью класса dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Упрощенная содержится коалесцент (ген дерево видового дерева) моделирования.
• Изменения:
• Ключевое слово аргументы as_string (), write_to_path (), write_to_file, и т.д. методы были переделаны, чтобы стать более последовательным для NEXUS и форматов Newick. Предыдущие ключевые слова по-прежнему поддерживаются, но будут устаревшими. Новый набор ключевых аргументов, поддерживаемых можно увидеть в: Ref: NEXUS и Newick писать на заказ и # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; раздел.
• NEXUS и Newick форматы теперь по умолчанию чувствительны к регистру таксон этикетки; укажите case_insensitive_taxon_labels = False для случая чувствительности.
• исправления:
• Чтение с чередованием характер не матриц больше не результаты в следующем квартале будучи пропущен (NEXUS).
• Оказавшись OverflowError при расчете сводных статистических данных.

Что нового в версии 3.8.0:

• дерево объектов теперь можно rerooted в середине (см Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Аннотации (т.е. атрибуты дерево, узлов или пограничных объектов, которые имели и Quot; Аннотировать () & Quot; называемую на них) теперь можно записать в виде замечаний метаданных (& Quot; [& поле = значение] & Quot;) при написании NEXUS / формат Newick если ключевое слово аргумент annotations_as_comments используется.
• При чтении в NEXUS / деревья формат Newick, указав extract_comment_metadata = True приведет в комментариях метаданных втянуты в словаре, с ключами быть имена полей и значения того значения полей.
• При чтении данных в формате NEXUS, наборы блоки будут обработаны, и наборы символов разбирается в соответствующей CharacterDataMatrix.
• Наборы символов (как, например, анализируется из NEXUS КОМПЛЕКТЫ блоков: см выше) могут быть экспортированы в качестве новых объектов CharacterDataMatrix, и будете спасены / манипулировать / др. independentally.
• При написании в NEXUS или Newick форматов, то write_item_comments ключевое слово аргумент (истина или ложь) может контролировать ли расширенные комментарии, связанные с узлами на деревьях будут записаны или нет.
• класс TopologyCounter добавлены dendropy.treesum:. позволяет отслеживать топологии частот
• treesplits.tree_from_splits () позволяет построения (топологии-только) деревьев из множества расколов.
• Самое функциональные возможности, которые используются, чтобы быть "dendropy.treemanip" теперь перенесены в родной методов класса dendropy.Tree. "Dendropy.treemanip" будет устаревшим.
• Деревья теперь можно обрезать на основе списка таксонов этикеток для удаления или сохранения (ранее, методы будут принимать только списки объектов таксона).

Что нового в версии 3.7.1:

• Новые возможности:
• Реализация "Генеральный сэмплирования подхода» (Хартман и др 2010:... Выборочные Деревья из эволюционных моделей; Сист биологических 49, 465-476). Метод имитации деревьев от модели рождаемости-смертности
• Изменения:
• Правильные имена / последовательные для некоторых вероятностных функций.
• исправления:
• Исправлена ​​ошибка в подтверждении перезаписи выходного файла при использовании SumTrees '-e' / '- Сплит-ребер. опция
• Древняя и пятнами полу-окаменелые ссылка на «taxa_block" исправлено на "taxon_set.

Что нового в версии 3.7.0:.

• мигрировали в лицензии BSD-стиля

Что нового в версии 3.6.1:

• SumTrees теперь работает (в последовательном режиме) при старше версии Python (т.е. & # x3c; 2,6).
• Исправления для совместимости с Python 2.4.x.

Что нового в версии 3.5.0:

• Метод Добавлено ladderize (), чтобы заказать узлы по возрастанию (по умолчанию) или по убыванию (ladderize (справа = True)) порядка.
• Добавлена ​​& Quot; зверь Резюме дерево & Quot; Спецификация схемы для обработки ЗВЕРЬ аннотированные консенсуса деревья.
• Добавлена ​​новый модуль для взаимодействия с базами данных NCBI:. dendropy.interop.ncbi

Что нового в версии 3.4:..

• В комплекте ez_setup.py обновляются до последней версии

Требования

• Python 2.4 до 3.0