Основные Local Alignment Search Tool в короткий BLAST представляет собой набор программ, предназначенных поиска подобия для изучения всех имеющихся баз данных последовательности независимо от того, является белок запрос или ДНК.
Он использует эвристический алгоритм, который ищет местные, в отличие от глобальных группировок, и, следовательно, в состоянии обнаружить взаимосвязь между последовательностями, которые разделяют лишь отдельные регионы сходства.
Он может быть запущен локально в полном исполняемый файл, и может быть использован для запуска поиска BLAST против частных, локальных баз данных, или загрузить копии баз данных NCBI. Она работает на Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq ВВП, и HP-UX систем
Что нового В этом выпуске:.
- Улучшения:
- Расширенные документация, включает в себя упрощенные инструкции по установке, доступных на http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
- Добавлена поддержка для жестких маскировки взрывных баз данных.
- Повышение производительности makeblastdb для FASTA вход с большим количеством последовательностей, улучшить контроль ошибок.
- Разрешить Лучшие варианты хитом и XML-форматирования в режиме Blast2Sequences
- Разрешить множественные последовательности запросов для psiblast.
- Разрешить спецификации любого множественного выравнивания последовательностей последовательности в качестве ведущего с аргументом -in_msa psiblast.
- Добавить дополнительный аргумент, чтобы -input_type makeblastdb.
- Добавлена поддержка запросов и длины, подлежащих табличной производства.
- Выполнение -seqidlist аргумента улучшилось.
- Минимальная числа описаний и выравнивания в настоящее время используется для табличной и выходе XML (в соответствии с поведением старших blastall приложений).
- исправления:
- Makeblastdb и blastdbcmd проблемы с разбора, хранить и извлекать идентификаторы последовательности.
- отсутствующих идентификаторы субъектов в табличной производства.
- Blast_formatter игнорируя -num_alignments и -num_descriptions
- Формат Архив Взрыв мог быть сохранен неправильно с несколькими запросами.
- Blast_formatter установлена связь ненужную сети.
- Blast_formatter не сохранить правильно маскировки информации.
- Rpstblastn может привести к сбою, если ищете много последовательности.
- проиндексирован Megablast не будет работать в многопоточном режиме.
- название Запрос в PSSM спас psiblast был не сохраняются.
- Возможный сбой работать в многопоточном режиме с несколькими запросами или больших последовательностей базы данных.
- TBLASTN работает с маскировкой базы данных может пропустить матчи.
- Усеченный выход для ввода последовательности с дополнительными пробелами в defline
- Проблема с MacOSX двоичных файлов на MacOSX 10.5
Что нового в версии 2.2.24:
- представляет BLAST Архив формат, чтобы разрешить в режиме готовности переформатирование одна BLAST поиск с blast_formatter.
- Это добавляет поддержку для переведенного теме мягкой маскировки в доменной базы данных.
- Это добавляет поддержку для операций (btop) выходного формата BLAST Trace-обратно.
- Это добавляет опции командной строки blastdbcmd для перечисления доступных BLAST базы данных.
- Улучшена производительность форматирования поисков отдаленных взрыв. Использование последовательного код выхода ибо из условий памяти.
- Исправление ошибки в индексированной Megablast с несколькими пробелами BLAST баз данных.
Что нового в версии 2.2.19:
- Переменная среды BLASTDB теперь поддерживает несколько путей поиска базы данных , Когда это возможно, меньше белка таблицы поиска используется для повышения производительности.
- formatrpsdb теперь поддерживает создание базы данных больше, чем 2G.
- seedtop теперь поддерживает поиск со списками ги.
- Значение X3 для BLASTN / Megablast была исправлена.
Комментарии не найдены