Flexs предсказывает конформацию и ориентацию одного из лигандов по отношению к другой. В Flexs ссылка-лиганд считается жесткой, таким образом, он должен быть приведен в конформации, который похож на связанном состоянии. Алгоритм суперпозиции в Flexs требует только немного ручного вмешательства. Вы можете интегрировать эти знания в расчетах с Flexs путем проведения отдельные шаги вручную. Таким образом, Flexs предназначен для интерактивной работы на лиганд пар, а также для лиганда на основе виртуального скрининга. Два основных применения Flexs являются лиганд супер позиционирование (например. Для CoMFA / QSAR) и виртуального скрининга. Если у вас есть белок и малую молекулу связывания с ним (так называемый справочник-лиганд), но не структуру белка, вы можете взять опорный структуру в качестве отрицательного отпечатка пальца активного сайта. Flexs определяет сходство между теста и контрольной структуры, совместив их. В виртуального скрининга, у вас есть референс-лиганд и набор соединений, и вы заинтересованы в приоритетности соединений для экспериментального тестирования.
Комментарии не найдены