GAMGI

GAMGI - это проект с открытым исходным кодом и полностью бесплатный программный проект, созданный с нуля для использования и создания атомных структур. Он имеет графический пользовательский интерфейс, простой, чистый, простой в использовании и мощный.

Приложение поддерживает широкий спектр атомных структур, таких как кристаллы, молекулы, жидкости и стекла. Он также поддерживает 230 кристаллографических пространственных групп и может использоваться для выполнения 3D-анализа Вороного и точечной симметрии.

GAMGI поддерживает множество типов объектов, включая Text, Orbital, Bond, Atom, Direction, Plane, Group, Molecule, Cluster, Cell, Arrow, Shape, Graph, Assembly, Light, Layer и Window. Кроме того, программа предлагает максимальный контроль над объектами низкого уровня как атомы.

Среди других особенностей можно отметить способность создавать структуры RCP (Random Close Packing), кристаллы для любой космической группы симметрии, а также координационные многогранники и Voronoi для случайных структур. Он также может определять любую точечную группу симметрии.

Поставляется с полной документацией

Еще одна интересная функция - возможность выполнять действия в списке объектов или отдельном объекте, который был ранее выделен. Он поставляется с полной документацией и атомными данными, включая изотопные данные и ионный радиус. Кроме того, программное обеспечение может управлять огромным количеством независимых окон, огней, включая точечные, направленные и позиционные, слои с различной видимостью, референциями, видовыми экранами или проекциями, а также трехмерные текстовые шрифты, которые можно либо погладить, либо экструдировать.

Приложение GAMGI также может использоваться в школах и университетах для обучения атомной структуре материи. Это идеальный инструмент для ученых, которые работают в атомистическом моделировании, а также для тех, кому требуется приложение с открытым исходным кодом для изучения атомных структур и подготовки изображений для их презентаций.

Что нового в этой версии:

• Обновлены файлы справки & gt; Config для объектов Light и Atom.
• Синхронизированные деревья гамги и ggi-x.
• Обновлен файл gamgi_expat_import_object: импорт данных объекта Cell в файлы XML с новыми правилами конфигурации должен работать нормально.
• Обновлен файл gamgi_expat_export_object: экспорт данных объекта Cell в XML-файлы с новыми правилами конфигурации теперь отлично работает.
• В Cell- & gt; Create и Cell- & gt; Modify векторы Origin и Axes теперь обновляются автоматически для стандартных (обычных или примитивных) параметров при изменении модели.
• Заменены границы ячейки & gt; = FALSE по ячейкам - & gt; border = GAMGI_PHYS_NONE, в двигателе, gtk, expat и mesa.
• Обновлен gamgi_expat_export_config: экспорт данных конфигурации соты в файлы XML теперь отлично работает
• Обновлен gamgi_expat_import_config: импорт данных конфигурации соты из XML-файлов теперь работает нормально
• Улучшено диалоговое окно Cell- & gt; Config, чтобы обрабатывать также значения по умолчанию для модели, границ, лиц и узлов.
• Переработанные диалоги Object & gt; Config: данные конфигурации теперь разделяются по умолчанию (на страницах с теми же именами, что и в Object- & gt; Create dialogs) и глобальных данных (применительно ко всем объектам, старым и новый), на странице «Глобальная» (последняя) записная книжка. Диалоги затронуты: Atom- & gt; Config, Cell- & gt; Config, Light- & gt; Config.
• Реализовано диалоговое окно Cell- & gt; Config и инфраструктура. Размер граничных линий ячейки, узлов и векторных осей теперь можно установить глобально для всех ячеек в GAMGI, что крайне необходимо. Значения по умолчанию для цвета и осей используются также.
• Исправлена ​​ошибка в gamgi_gtk_bond_create: цвет, установленный в static_init, игнорировал предыдущие данные конфигурации.
• Исправлена ​​ошибка в gamgi_mesa_draw_pick и gamgi_mesa_draw_grab: ширина точки выделения ячейки была установлена ​​на ширину линии вместо ширины точки.

Что нового в версии:

• Исправлена ​​только что введенная ошибка: мы не можем отменить визуализацию GDK после удаления контекста GL. Просто удалите этот код. Очевидно, GTK делает это, когда виджет уничтожен.
• Улучшен gamgi_gtk_area.c, используемый в X-версии GAMGI, который заменяет библиотеку GTKGLExt нашим собственным кодом на основе GLX. Хавьер Кабезас портировал этот код на GTK 3 и отлично работает! Завершены изменения портов, поэтому различия между кодом для GTK 2 и GTK 3 абсолютно минимальны.
• Мы не можем использовать цвета r, g, b из-за осей ячейки a, b, c.
• Улучшенная компоновка осей в диалогах Orbital- & gt; Create и Orbital- & gt; Изменить.
• Измененная метка Model to Scope в Orbital- & gt; Создать и Orbital- & gt; Изменить и изменить интерфейс справки соответственно.
• Проверено все страницы документации форматов справки.
• Обновленная справочная документация для форматов кластеров.

Макеты
• cluster- & gt; paints больше не заканчиваются нулем.
• Синхронизированные ветви gamgi и gamgi_exp.
• В файлах XML в элементах группы заменен тип атрибута по ссылке.
• Обновленная справочная документация для форматов плоскости и направления.
• Обновленная справочная документация для групповых интерфейсов и форматов.
• Обновлен товарный знак ЕС GAMGI до 2024 года.
• Обновлен исходный код и документация к лицензии GPL v3.
• Начал использовать sha256sum для проверки всех файлов дистрибутива.
• Обновлена ​​регистрация доменного имени gamgi.org до 2020 года.

Что нового в версии 0.17:

• Исправлена ​​ошибка makefile (введенная в gamgi0.15.6) в ветке GAMGI, которая не требует библиотеки GtkGlExt: make_rules содержит зависимости gtkglext, которые не должны быть там.
• Самолеты, Направления теперь могут быть проецированы сетью проецирования: Wulff или Schmidt.
• Синхронизированный код, документация и файлы данных между деревьями распространения gamgi и gamgi_exp.
• Проверено dat / orbital XML-файлы для обновления атрибутов оси.
• Проверено все файлы dat / XML для замены типа атрибута по метке в элементах атома.
• Проверено все файлы dat / XML для замены типа атрибута по модели, в плоскости, направлении, элементах ячейки.
• Для согласованности, глобально замените проекцию имени сетью по направлению, а также код плоскости и элементы XML.
• Для согласованности, глобально замените тип имени по модели в ячейке, плоскости, направлении кода и XML-элементах.
• Изменен тип метки для модели в Cell- & gt; Create и Cell- & gt; Modify.
• Измененная метка Метод для ввода в Bond- & gt; Создать.
• Обновлена ​​справочная информация & gt; Форматирует документацию для объектов плоскости и направления XML.
• Обновлена ​​справочная документация по интерфейсам Type и Projection в Plane- & gt; Создать, Plane- & gt; Изменить, Направлять & gt; Создать, Направлять & gt; Изменить.
• Атомная температура Дебая-Валлера теперь может принимать значения только между 0,0 (синий) и 100,0 (красный), как обычно в этом анализе.
• Обновлена ​​документация по интерфейсам и форматам для объектов Bond.
• Исправлена ​​стандартная атомная температура Дебая-Валлера: новое значение 0.0, соответствующее атому с хорошо известным положением.
• Документация обновленных форматов для объектов Atom и Cell.
• Help- & Current и Help- & gt; Тема теперь может читать документацию для Orbital- & gt; Изменить.
• Написал документацию для Orbital- & gt; Изменить.
• Обновлена ​​документация для Orbital- & gt; Создать.
• Орбитальные оси теперь обрабатываются гораздо проще, в Orbital- & gt; Create, Orbital- & gt; Modify и исходных файлах XML.
• Orbital- & gt; Select теперь работает отлично для всех параметров, включая множество свойств, которые можно использовать для выбора орбиталей.
• Упрощенные функции gamgi_gtk_select _ *. c.
• Исправлены две ошибки в коде H-орбиталей, введенные в GAMGI 0.16.6: 1) члены rho ** L (из многочленов Лагерра) и 1 / r ** L (из функций Лежандра) отменяют друг друга , кроме постоянной, которая отсутствовала. 2) расчет радиуса по умолчанию отсутствовал в терминах rho ** L.
• Списки планов теперь можно выбрать по модели: Polygon, Pole, Trace, Vector.
• Списки направлений теперь можно выбрать по модели: Line, Pole, Trace.

Что нового в версии 0.16.8:

• В стереографических проекциях слегка повышается высота z в растровых изображениях полюсов (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), поэтому они всегда появляются над трассировкой. Это фиксирует визуальный сбой, но также значительно облегчает выбор полюсов со следами вокруг, так как цвета теперь четко разделены.
• Синхронизированные ветви кода gamgi и gamgi_exp.
• Обновлен static_press в Plane- & gt; Modify и Direcyion- & gt; Modify, поэтому имя объекта не будет перезаписано автоматической установкой имени.
• Автоматическое изменение имени в Plane- & gt; Modify and Direction- & gt; Modify теперь работает отлично, для кристаллографических плоскостей, направлений.
• Нашел и удалил ошибку в Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: в некоторых случаях имя объекта, указанное пользователем, было проигнорировано.
• Нашел и удалил серьезную ошибку в Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: после создания самолетов / направлений с использованием списков, ранее созданных с помощью диалога второго уровня List, они не были должным образом сброшены. В некоторых случаях это может привести к сбою GAMGI.
• Нашел и удалил ошибку в Plane- & gt; Create and Direction- & gt; Create: Pole и Trace не создавались одновременно, когда требуется, только один раз каждый раз.
• Orbital- & gt; Select теперь работает. Списки орбит могут быть скопированы, связаны, выбраны, изменены, удалены, как и для других объектов.
• Синхронизированные ветви кода gamgi и gamgi_exp.
• Fixed Cell- & gt; Link: он работает (снова) отлично для списков ячеек, в объектах (выше и ниже), в режимах Crystal и Random.
• Нашел и удалил простую, но серьезную ошибку: когда было открыто несколько окон, и список объектов был активным и выбран в качестве текущего объекта, Reset (но не Exit) приведет к сбою Gamgi.
• Cell- & gt; Ссылка Случайная (RCP) не работала: заменена более старым кодом. Cell- & gt; Link требует дополнительной работы.
• Снова компиляция с флагом -O3.
• Исправлена ​​серьезная ошибка во всех диалоговых окнах Object- & gt; Select в методе Region: когда прямоугольник выборки был не полностью внутри области графики, некоторые из выбранных цветов были бы неопределенными, и GAMGI сработает при нажатии Ok. Аварии были обнаружены давным-давно, но причина была неясной до сих пор.

Что нового в версии 0.16.7:

• Синхронизированные деревья данных gamgi / dat и gamgi_exp / dat.
• Деревья Synged ggi / doc и gamgi_exp / doc.
• Синхронизированные деревья gamgi / src и gamgi_exp / src.
• Исправлено больше сбоев GUI в Orbital- & gt; Изменить.
• Исправлены ошибки Orbital- & gt; Modify: точки орбитальной & gt; должны быть сброшены до 0.
• www.gamgi.org и ftp.gamgi.org теперь обслуживаются с виртуальной машины, размещенной в ИТ-центре в Лиссабонском университете. Надеюсь, это означает более надежные соединения и меньше времени.
• Автоматическое изменение имени в Orbital- & gt; Modify теперь работает нормально.
• Автоматическое изменение имени в Atom- & gt; Modify теперь работает нормально.
• Выполнено автоматическое изменение имени в Atom- & gt; Изменить.
• Выполнено автоматическое изменение имени в Orbital- & gt; Изменить.
• Orbital- & gt; Modify теперь работает для одиночных орбиталей. Списки орбиталей должны работать в следующем выпуске.
• Перевод, ротация, теперь отлично работают для Orbital- & gt; Modify.
• static_apply для Orbital- & gt; Модификация в основном выполняется.
• Завершено static_grab для Orbital- & gt; Изменить.
• Добавлены static_ok_global и static_ok_local для Orbital- & gt; Изменить.
• Завершено static_press для Orbital- & gt; Изменить.
• Поведение GUI для Orbital- & gt; Modify почти завершено.
• Начал работу над Orbital- & gt; Modify и Orbital- & gt; Select.
• Обновлены gamgi_mesa_pick.c и gamgi_mesa_grab.c для учета твердых представлений орбиталей.
• Исправлена ​​небольшая ошибка в коде для рисования mesa для оси орбит.
• Многочлены Лагерра имеют коэффициент r ** L (L = угловое квантовое число), который точно отменяется с коэффициентом 1 / r ** L функций Лежандра, поэтому математические описания H-орбиталей становятся намного проще! Спасибо Хосе Луису Мартинсу за то, что он указал на меня! Для таких плотностей с низкой вероятностью (1E-6) числовые проблемы настолько чувствительны, что орбитальные визуальные представления немного отличаются даже для L = 1 после этого упрощения.

Что нового в версии 0.16.6:

• Синхронизированные деревья генерации ggi / dat и gamgi_exp / dat.
• Синхронизированные деревья исходного кода gamgi / src и gamgi_exp / src.
• Добавлены скриншоты, показывающие новые представления для орбиталей.
• Слегка увеличенная точность тета, phi при определении радиуса выборки по орбите по умолчанию: проверена на (6,5, -5) орбиталь (6hy5).
• Отлаженный код для выполнения интерполяции сигнала на твердых орбиталях. Сейчас работает нормально! Это было последним препятствием для создания орбитального представления мирового класса в GAMGI! Время скриншотов! В будущем мы попытаемся уменьшить количество вершин, нормалей и треугольников, и мы можем реализовать затенение Gorauld, но ничто из этого не изменит научные и визуальные возможности нашей текущей модели. Стакан порта, чтобы отпраздновать!
• Реализован метод выполнения интерполяции сигналов на сплошных орбиталях, чтобы решить проблему неточности изменения сигнала, найденную ранее.
• Очищенный код в gamgi_chem_orbital.c и gamgi_chem_orbital.h.
• Исправлена ​​ошибка: плотность орбитальной вероятности не была должным образом экспортирована в файлы XML.
• Ось орбиты теперь проще в использовании и имеет больше опций.
• Теперь работает код сигнала: 3D-орбитали выглядят действительно фантастическими, но код сигнала должен быть уточнен, так как отсутствие интерполяции приводит к слишком большому визуальному шуму при изменении сигнала.
• Исправлен код для обмена положительными и негативными треугольниками.
• Исправлен код интерполяции сигнала в static_edge.
• Решена проблема интерполяции, связанная с орбитальным изоморфным эффектом лука: сила фракции в диапазон [0,1].
• Фиксированная ориентация контура твердого тела: это необходимо для точной интерполяции.
• Исправлены числовые ошибки: просто ошибка, разбивающая кубы (как в 3D-шахматной доске). Сейчас выглядит отлично!
• Отладка сплошного орбитального 3D-кода, по-видимому, работает нормально, все еще с некоторыми числовыми ошибками на поверхности.

Что нового в версии 0.16.5:

• Теперь можно экспортировать орбитальные объекты, импортированные в GAMGI родные файлы XML. Заменена рекурсивная static_outside процедура с помощью цикла и стека, что устраняет критическое узкое место в твердом орбитальном коде. Исправлены утечки памяти в GTK-коде, ошибки sintax при выборе объектов по цвету, предупреждения из-за ненужных переменных и т. Д.

Что нового в версии 0.16.4:

• Синхронизированные ветви генерации gamgi и gamgi_exp.
• Обновлен make_local, чтобы включить пути: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include, used от Ubuntu.
• Исправлена ​​ошибка в новом твердом орбитальном коде: тест длины r имеет смысл в проводном представлении, но не в твердом теле!
• Новый рекурсивный код работает для бит-массивов размером 160x160x160 в худшем случае.
• Рекурсивный код для поиска внешних поверхностей разбивается на бит-массивы размером более 50x50x50. Поиск альтернативы цикла.
• Орбитальный код: интерполяция волновой функции для создания представления на основе треугольника работает очень хорошо.
• Трехмерная 2D-рендеринг плоских поверхностей на орбиталях, основанных на треугольниках, теперь хорошо протестирована и работает отлично! Это имеет решающее значение для построения представления этих орбиталей на октантах, где пользователи могут выбирать, какие октанты должны отображаться.
• Добавлены новые зеркала, http://atom.ist.utl.pt и ftp://atom.ist.utl.pt, в будущий хост gamgi.org.
• Добавлены хорошие структурные и информационные файлы для высокотемпературного бета-кварца, бета-кристобалита и бета-тридмитата.
• Реализовано новое зеркало: http://gamgi.ist.utl.pt/ или http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Упрощен способ выбора H-Orbital octants в проводном режиме.
• Для каждого H-орбитального октанта был написан топологический код для построения всех треугольников, необходимых для описания внешней 3D-изоповерхности (алгоритм тетра-кубов), а также внутренних границ 2D-октантов.
• Для каждого H-орбитального октанта написал и протестировал код бит-бит, необходимый для устранения внутренних изоповерхностей и отображающий только внешний.
• Упрощенный двоичный код октанта в gamgi_chem_orbital.c.

Что нового в версии 0.16.3:

• Улучшена читаемость во всех диалоговых окнах Object- & gt; Copy.
• Добавлена ​​документация для Orbital- & gt; Создать, Orbital- & gt; Копировать, Orbital- & gt; Ссылка и Orbital- & gt; Удалить.
• Модернизированная справка - & Current и Help - & gt; Тема для выделения Orbital- & gt; Создать, Orbital- & gt; Копировать, Orbital- & gt; Link, Orbital- & gt; Удалить.
• Синхронизированные гамги и деревья gamgi_exp.
• Orbital- & gt; Link теперь работает нормально (списки орбиталей еще не реализованы).
• Исправлен сбой во всех файлах link_object.html, в результате чего появилось сообщение об ошибке GAMGI, когда подсистема Help попыталась открыть один из этих файлов.
• Orbital- & gt; Копия теперь работает нормально (списки орбиталей еще не реализованы).
• Orbital- & gt; Remove теперь работает нормально (списки орбиталей еще не реализованы).
• Началось создание диалоговых окон Orbital- & gt; Копировать, Orbital- & gt; Link и Orbital- & gt; Удалить.
• Макет Octants в диалоговом окне «Orbital- & gt; Create» теперь намного интуитивно понятен.

Что нового в версии 0.16.2:

• Synced gamgi / (с версиями GtkGLExt) и gamgi_exp / (с GLX).
• Фильтрация объемных октантов теперь отлично работает для H-орбиталей.
• Завершен поиск наилучших значений по умолчанию для H-орбиталей. Плотность по умолчанию - 1E-6, что необходимо для отображения всех областей на 6 орбиталях. Точки - 50000 x n, что является разумным компромиссом. Радиус по умолчанию рассчитан для сканирования с последнего максимума в радиальной плотности f2r2 плюс до 2,0 минимальной длины, пока максимальная плотность (поиск по тете, phi) не станет меньше плотности по умолчанию.
• Улучшено, изменено диалоговое окно Orbital- & gt; Create.
• H-орбитали теперь отлично работают в Гамги. Посмотрите на лучшие значения по умолчанию.
• Добавлен весь код, необходимый для сборки и рендеринга H-орбит.
• Оптимизированный H-орбитальный код для скорости.
• Для всех орбиталей на водороде от n = 1 до 6 рассчитаны расстояния для максимумов радиальной полиномии.
• Для всех орбиталей на водороде от n = 1 до 6 рассчитаны расстояния для радиальных полиномиальных нулей.
• Теперь можно создавать орбитальные объекты, масштабироваться (вокруг текущего центра), перемещаться, поворачиваться, как и любой другой объект Gamgi.
• Завершено диалоговое окно Orbital- & gt; Создать для создания орбиталей на основе водорода.
• Написал графический код двигателя для рендеринга орбиталей на основе водорода в пунктирном режиме.
• Добавлено и протестировано s, p, d, f, g, h орбитали на основе водорода для n = 6, в декартовых x, y, z координатах.

<сильные> Требования :

• GTK +