MacMolPlt

MacMolPlt является инструментом визуализации химии, которые могут быть использованы для создания молекулы с интегрированным графическим Model Builder, создать входные файлы для вычислительной программы химии GAMESS, а затем визуализировать результаты вычислительных трасс химии. Особенности включают в себя высокое качество 3D-дисплей, анимацию нормальных режимах и последовательностей реакции и выход к различных форматах, включая изображения высокого качества и QuickTime и Flash-фильмов.

• Ввод с помощью:
• Формат MolPlt файл штампуют по GAMESS
• по оклейке в декартовых координатах с любого GAMESS или Gaussian лог-файл
• любой GAMESS вход, войти или IRC файл
• Xmol стиль XYZ файл
• Файлы формата Molden
• Белок Банк данных (PDB файл)
• Химическая Markup Language (CML) файлы
• Build графически с редактором интерактивного молекулы
• Build использованием декартовой или Z-матрица стиль внутренние координаты вручную
• 3D-дисплей структуры и обычный режим
• Анимация нормальных режимах.
• 3D вращение в режиме реального времени и перевод под управление мышью
• Расчет любого параметра Z-матрицы
• Визуально мера / отображать расстояния, углы и двугранных углов.
• Автоматическое создание линейных наименее движение (LLM) путей
• 2D и 3D вычисление и отображение
• Молекулярные орбитали (АО, Женская, МО, или ЖИО)
• Общая плотность электронов
• различия плотности
• Молекулярная электростатических потенциалов (MEPMaps)
• Основные входной файл генератор GAMESS
• OpenGL используется для высококачественной 3D-рендеринга
• Поддержка молекулярной симметрии
• Создать симметрии зависимые атомы
• Определить симметрии уникальные атомов
• Автоматически определяет перечень поддерживаемых точечных групп для набора координат.
• Повернуть координаты в надлежащем принцип ориентации
• операторы Показать симметрии для многих точечных групп
• Выход качество публикации (цветная или черно-белая) с помощью прямая печать или скопировать и вставить в другое приложение.
• Вывод в различных формах, включая Windows Bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, леев molfile, POV-Ray, флеш-роликов и QuickTime фильмов.

Что нового В этом выпуске:

Несколько усовершенствований были сделаны к коду отображения. Опции были добавлены к 3D панели prefernces для плавного затенения с и без теней.
Добавлено элементарный поддержку MOPAC файлов.
Добавлена ​​опция для переключения видимости неэмпирических, MM, и атомов EFP.
Улучшена поддержка базовой модели потенциалов.
Добавлено крючок во входном строителя для новой программы GAMESSQ.
Улучшена PDB файла парсер.