Biopython

Разработано международная команда разработчиков, это распространяется совместные усилия по развитию библиотек и приложений, которые удовлетворения потребностей нынешнего и будущих работ в области биоинформатики Python.

Что нового в этой версии:

• Bio.Phylo теперь имеет Построение дерева и консенсус модули, из о работе GSoC по Yanbo Е.
• Bio.Entrez будет автоматически загружать и кэшировать новые файлы NCBI DTD для XML разбора в домашний каталог пользователя (с помощью ~ / .biopython на Unix-подобных системах, и $ APPDATA / biopython на Windows).
• Bio.Sequencing.Applications теперь включает в себя оболочку для инструмента samtools командной строки.
• Bio.PopGen.SimCoal теперь также поддерживает fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-текст, hmmer3-Tab, и hmmer3-domtab теперь поддерживает вывод через hmmer3.1b1.
• BioSQL Теперь мы можем использовать MySQL-разъем пакет (доступно только для Python 2, 3 и PyPy) в качестве альтернативы MySQLdb (Python 2) используется для подключения к базе данных MySQL.

Требования:

• Python 2.6 или выше