NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit предоставляет бесплатные переносные, библиотеки общественным достоянием, с никаких ограничений использовать. Она работает на Unix, MS Windows, Mac и платформ OS:
ย ท сети и синхронизация взаимодействия (IPC) библиотека с IOSTREAM адаптеров
ย ท MultiThreading Библиотека
ย ท CGI и быстрого CGI Библиотека
ย ท генерации HTML Библиотека
ย ท базы данных SQL Библиотека доступа
ย ท C ++ обертка библиотеки для BerkeleyDB
ย ท С ++ IOSTREAM Адаптер / Упаковочный Библиотека
ย ท GZIP и BZ2 C ++ обертка библиотеки с IOSTREAM адаптеров
ย ท ASN.1 и XML-сериализация Библиотека с C ++ кода генератор инструмент (datatool)
ย ท Дата и время библиотека
ย ท файловой системы Функция Библиотека
ย ท аргумент командной строки, настройки и обработки Библиотека окружающая среда
ย ท Последовательность Выравнивание Алгоритмы Библиотека
ย ท Библиотека BLAST двигателя
ย ท Биологическая Последовательности получения и обработки Библиотека
ย ท Портативный FLTK и OpenGL на основе GUI и графические библиотеки
Кроме того, выше, есть намного больше полезных библиотек, как общего назначения и биотехнологии, связанных с, что постоянно развивать, поддерживать и использовать в производстве реальной жизни сотен Web и автономных приложений и их программистов (также учитывается в сотни).
Если вы являетесь разработчиком C ++ вы найдете портативный характер библиотек очень полезных в строительстве кросс-платформенных приложений, даже если у вас нет большого интереса к биоинформатики. Библиотеки, такие как те для CGI / Fast-CGI, HTML, сети, доступ баз данных SQL, ASN.1 и XML сериализации довольно общего назначения и могут быть использованы в различных приложениях вне проблемной области биоинформатики.
C ++ Toolkit подвергается активному развитию с библиотеками строятся каждый вечер. Исходный код находится в свободном доступе через FTP и CVS. Документация для C ++ Toolkit доступны в Интернете в формате NCBI Книжная полка, а также как загружаемые книга в формате PDF Acrobat в

Что нового В этом выпуске:.

• Основные характеристики:
• Добавлена ​​LDS2 (Местное v.2 хранения данных), которая основана на SQLite3, имеет новые функции и более высокую производительность. Также реализована LDS2 погрузчик данные использовать LDS2 от диспетчера объектов.
• XmlWrapp -это удобно обработка XML API, в основном, закончена (и даже полированные).
• Реализованные туннелирование и авторизации HTTP соединений и туннелирование Secure Sockets, через HTTP прокси.
• CFormatGuess теперь позволяет различать GTF, GFF3 и GFF2. Это, возможно, сломить изменений. Для более подробной информации см. Ниже
• Реализованные крупные части CFeatTree, класс организовать функции, определенные на биологическом последовательности в иерархии, которая отражает их родитель-потомок (на основе художественных подтипов).
• CORELIB:
• Реализованные языковой независимый преобразование строки в два раза и обратно; измененные основные библиотеки, чтобы использовать его.
• НСТР :: Обоснуйте () - для форматирования абзацев текста
.
• CNcbiApplication - сделать FindProgramExecutablePath статические и более надежные; добавить статический метод GetAppName выше уровня. Посмотрите на глобальных конфигурационных файлов в более случаев.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Новый метод воздействия на логику, определяющую, какой файл (если таковые имеются), чтобы загрузить
• CEnvironmentCleaner -. Новый класс, чтобы отменить нежелательные переменные окружения
• CFileIO - обратно в исходное поведения:. не закрыть дескриптор файла, если он назначается с помощью SetFileHandle ()
• СЕРИЙНЫЙ:
• Сериализация объектов данных AnyContent - фиксированная распознавать и правильно атрибутов процесса в их значениях
.
• Исправлена ​​чтение XML данных назначить значения элемента по умолчанию, когда она не имеет никакого содержания.
• Добавлена ​​поддержка последовательностей элементов, где элемент имеет значение по умолчанию.
• DATATOOL:
• Исправлена ​​генерация кода:
• объекты данных выбору;
• двоичные типы данных с атрибутами.
• Исправлена ​​преобразования двойных значений типа, чтобы сохранить более значительные цифры.
• CONNECT:
• Добавлена ​​опция оставайся в живых разъем (fSOCK_KeepAlive).
• Добавлена ​​NCBI Тест подключения (CConnTest).
• Утилиты:
• g_FindDataFile -. Новая функция для поиска файлов данных в конфигурируемых () стандартных местах
• CChecksumStreamWriter -. Новый класс для вычисления контрольной суммы данных, записанных в поток
• g_GZip_ScanForChunks () - новый API, чтобы запросить сжатые позиции потока. Добавлено реализации для получения позиции для отдельных GZIP-файлов внутри каскадного файла GZIP.
• Добавлена ​​компрессии / декомпрессии потоковых манипуляторов (включая / UTIL / сжатия / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (Util / format_guess. {H / C} п.п.) обновляется, с, возможно, ломая изменения. Цель это позволить CFormatGuess различать GTF, GFF3 и GFF2. В настоящее время он смешивает все из этих форматов в одном значения '' eGtf. Значение старого '' eGtf (3) заменяется «eGtf_POISONED", и не будут возвращены снова. Новое значение '' eGtf (21) будет означать, что файл следует читать с CGtfReader (objtools / читателей / gtf_reader.hpp). Новое значение "eGff3" (22) для файлы, предназначенные для чтения с CGff3Reader (objtools / читатели / gff3_reader.hpp), и «eGff2" (24) для файлов предназначен для чтения с CGff2Reader (включая / objtools / читателей /gff2_reader.hpp)
• BIO-ОБЪЕКТЫ:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Новый метод, чтобы помочь место последовательности, импортированные из FASTA файлов со спецификациями дальности в больше контекста; обернут CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (также нового).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Реализовать или улучшить признание более префиксов (Ga, НН, Гавайи, HO-HU, JA-Джо, ЕААА-EZZZ, и IAA-Изз, некоторые из которых соответствуют новой возможностью DDBJ ТПА данные WGS) и смешанные-в ТФК белка присоединении (в основном из EMBL, но некоторые из GenBank тоже).
• Различают WGS мастер присоединения новой битом флага. Расслабьтесь над строгая логика распознавания PDB.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Новая функциональность для работы с идентификаторами обычный текст последовательности, вынести из-CFastaReader и несколько обобщить
• SSeqIdRange - Новый тип (в комплекте с анализатором и на лету & Quot; итератор & Quot;) для работы с диапазонами ПОСЛ ИД, а присутствует в некоторых модификаторов источника FASTA defline
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - При желании принять пользовательские названия для отдельных последовательностей. Tag отрицательной прядь диапазоны с ведущими 'C-ых.

.
• CFastaReader - Поддержка отрицательной прядь диапазоны и синтаксис разрыв компактный defline стиле блесток (в? & Quot; & GT; N & Quot;, где N это число, или & Quot; & GT; unk100 & Quot;)
• Cobalt:
• Добавлена ​​командной строки вариант -num_domain_hits, что ограничивает количество консервативных доменов на последовательности, используемой при расчете выравнивания ограничений.
• филогенетические деревья:
• Добавлена ​​высокоуровневый интерфейс для вычисления филогенетическое дерево от выравнивания последовательностей (например BLAST и результаты кобальт). Класс CPhyTreeCalc вычисляет филогенетическое дерево, и CPhyTreeFormater печатает дерево в Newick и Nexus формате.
• BIO-библиотеки объектов:
• Реализованные CheckNumRows () и другие методы для разреженных рядов.
• Чтобы уменьшить объем памяти: добавлена ​​чтения крючки, чтобы уменьшить объем памяти, используемый выравнивания после десериализации; На нити теперь использует один байт памяти, когда это возможно; Score.value выбор теперь встроен в CScore.
• Капитализация вступление в CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-объект-менеджер:
• Добавлена ​​методы геттерные для логических полей в CTableFieldHandle.
• Добавлена ​​GetBestGeneForFeat () на основе CFeatTree.
• Реализованные GetBestOverlappingFeat () на CFeatTree.
• Добавлена ​​быстрая Cscope :: GetTaxid ().
• Реализованные массовая загрузка для ускорения / вер, Г.И., этикетки, и taxid.
• Добавлена ​​пробелы нулевой длины, чтобы проверить CSeqMap и CSeqVector.
• Реализованные GetLength () и GetCoverage () для мест облигаций.
• Улучшения:
• Добавлена ​​вспомогательный метод, чтобы заполнить CFeatTree на месте.
• Ускорена отображение простых местах CSeq_loc_mix в CFeat_CI.
• Ужесточение сортировка особенностей в CFeat_CI избежать двусмысленностей.
• CSeq_feat_Handle добытчиками в настоящее время работают с SEQ-таблице имеет слишком.
• Особенности посл столов теперь поддерживают пользовательские поля многоуровневые.
• Номера посл-подвиг SEQ-таблицы в настоящее время признается, даже если находится в сплит кусок.
• Ускорена CBioseq_Handle :: ADDID ().
• Оптимизированный Cscope :: AttachXxx ().
• Поддержка раскол имени аннотации.
• CSeqVector и CanGetRange CSeqVector_CI в () теперь вернуться ложным, а не бросать исключение.
• Разрешить, чтобы указать, как бороться с существующими ручками в ResetHistory ().
• Оптимизированный повторно воспитание, если больше возможности добавляются к CFeatTree.
• Добавлена ​​возможность отладки Cscope создание / удаление.
• Много изменений в C ++ функциональности очистки имитировать функциональность очистки, которая уже существует в С. Существует еще больше работы, чтобы сделать с BasicCleanup, но значительный прогресс был достигнут. Маленькая работа была проделана для ExtendedCleanup как еще.
• CSeq_loc_Mapper теперь можно инициализировать с GC-Ассамблеи.
• исправления:
• Исправлена ​​отображение локаций смесь на пряди минус в CFeat_CI.
• Множество исправлений в пути CFeatTree связывает особенности.
• Несколько исправлений безопасности потоков.
• Исправлена ​​опечатка предотвращения добавления выравнивает и графики для CSeq_annot_EditHandle.
• Обеспечить защиту от исключений при сортировке особенности в CFeat_CI.
• GENBANK ДАННЫЕ погрузчик:
• Зарегистрирован HPRD внешние аннотации.
• Добавлена ​​опция exclude_wgs_master параметров в pubseqos / pubseqos2 читателей.
• Реализованные массовая загрузка для ускорения / вер, Г.И., этикетки, и taxid.
• Добавлена ​​CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Улучшение:
• запросы загрузки сыпучих использования в Cscope :: GetBioseqHandles ().
• Отдельная статистика читатель по типу загруженных капли.
• Добавлена ​​отметка в GenBank отладочных сообщений.
• Использование IConnValidator для открытия PubSeqOS соединений.
• Добавлена ​​сплит-версия на запросы порций и порций подразделов в GenBank кэш, чтобы избежать с помощью неправильные куски, когда капля сплит состояние изменяется в ID.
• Добавлена ​​вторичные менее запутанной имена параметров для открытого тайм-аут.
• Не умножить повторить подсчет по количеству подключений.
• Менеджер объектов тест и демо-приложения:
• id2_fetch_simple - добавил. -Id варианты произвольные SEQ-идентификаторов
• test_bulkinfo -. Новое приложение тест
• FASTA:
• функциональность функция стол C ++ была сделана более функциональной, таких как, в рамках проекта BankIt.
• asn2flat утилиты
• Огромное количество изменений в FlatFile форматтером принести ему гораздо ближе, чтобы освободить-состояние готовности (возможно выпустить готов на данный момент, хотя остаются некоторые вопросы относительно незначительные).
• XMLWRAPP:
• Исправлена ​​ошибка сегментации в случае принятия ссылку на выражение XPath работает результаты.
• Добавлена ​​помощников, чтобы получить общественное ID, идентификатор системы и имя DTD для наружных и внутренних подмножеств.
• Добавлена ​​методы для поиска атрибуты узлов.
• Исправлена ​​выполнение выражения XPath:. теперь начинается с данного узла
• Исправлена ​​поиске атрибуты (в том числе дефолта), когда пространство имен предусмотрено.
• Добавлена ​​возможность запуска выражение XPath без необходимости регистрации имен в явном виде.
• Добавлена ​​возможность обеспечить контейнеры для сбора ошибок и предупреждений при разборе документов.
• Добавлена ​​возможность изменять значения и пространства имен атрибутов по умолчанию узла.
• Добавлена ​​возможность проверить, если атрибут по умолчанию.
• Добавлена ​​возможность вставки или удаления атрибутов, принимая во внимание их имен.
• Добавлена ​​возможность лишить декларацию XML, если документ будет сохранен.
• WindowMasker:
• Добавлена ​​новый формат ввода, & Quot; seqids & Quot ;; с этого входного формата, входной файл, содержащий последовательность ID на каждой линии, и алгоритм использует Менеджер Био-Object для поиска последовательности.
• Добавлена ​​новая класс CWinMaskConfig, для хранения всех параметров конфигурации WindowMasker. Класс может быть использован для добавления необходимых аргументов командной строки для CArgDescriptions, а затем получить параметры конфигурации из аргументов командной строки.
• СТРОЙ БАЗА (UNIX):
• Интерпретировать спецификации командной строке APP_PROJ или LIB_PROJ как сигнал, чтобы очистить другие параметры * _PROJ также не предусмотренные там. (Требуется GNU Make;. Строит с Солнца делают продолжать работать, как и прежде)
• Поставка больше целей в подкаталогах:. * _f (с использованием местных плоские мейкфайлы произведенные по требованию, игнорируя зависимости от других частей дерева) * _fd (обертывание верхнего уровня Makefile.flat), clean_sources и purge_sources
• Настройка и его удобство скрипты (компиляторы / Unix / * ш.):
• Примечательно новый флаг --without-3psw -., чтобы не использовать с любым программным обеспечением 3-участник
• Добавлена ​​проверка для GLEW.
• Улучшение проверки для разгона и OpenGL.
• Поддержка указав показы пути на Дарвина (Mac) систем с современными toolchains.
• BLAST:
• В Darwin (Mac OS X), построить только для процессоров Intel даже в противном случае универсального строит из-за PowerPC ToolChain ограничения.
• Добавлена ​​поддержка для извлечения NCBI Систематика идентификаторы, для которых поддержка WindowMasker доступно.
• Разрешить спецификацию последовательности запросов наряду с несколькими файл выравнивания последовательностей в psiblast.
• Добавлена ​​база данных трудно маскирующие поддержка.
• Добавлена ​​база данных мягкий маскирующие переведённых поисков.
• Добавлена ​​поддержка btop (BLAST Обратное прослеживание операций) и запроса и длины объекта в табличном отчете.
• приложения командной строки - позволяет psiblast искать несколько запросов, добавил дополнительный -input_type для makeblastdb
• Разрешить использование лучшего хита и XML в режиме blast2sequences.
• Улучшена производительность форматирования для удаленных запросов.
• makembindex теперь могут построить в маске индекс Megablast непосредственно из базы данных BLAST нуклеотидной используя клейкую информации, хранящейся в базе данных BLAST. Это достигается путем нового параметра командной строки -db_mask в makembindex. Опция принимает целочисленный идентификатор алгоритма фильтрации, поддерживаемых базой данных BLAST. Эта опция может быть применена только в сочетании с -iformat blastdb.
• Чтобы помочь пользователю в поиске из цифровых идентификаторов алгоритмов фильтрации, поддерживаемых базой данных BLAST, флаг -show_filters вводится. Применяя флаг с -iformat blastdb и BLAST базы данных, а вход вызывает makembindex для вывода списка доступных алгоритмов фильтрации и выхода.
• Приложения NetCache:
• NetCache переработан, чтобы включить следующие функции:
• эффективное управление дискового пространства;
• замок-менее работа с каплями, версий используется вместо
• многоходовой прослушивания и в-клиента настроек дифференциации.
• NetCache и ICACHE интерфейсы:
• Использование Uint8 везде по размеру больших двоичных объектов.
• Разрешить частичное извлечение BLOB.
• Введенный защита капля пароль; пустые пароли рассматриваются как без пароля.
• интерфейсы узлов рабочий:
• Новый параметр для прекращения работник узел, если его потребление памяти превышает установленный предел (параметр & Quot; total_memory_limit & Quot;)
.
• Новый параметр для прекращения работник узел, если его время работы превышает установленный предел (параметр & Quot; total_time_limit & Quot;)
.
• грид-приложений:
• netscheduled
• Исправлена ​​ошибка, не вызывает никакого ответа на команду очереди удаления.
• remote_app
• Новый параметр конфигурации (& Quot; tmp_dir & Quot;). чтобы контролировать, как временное имя каталога генерируется - уменьшить его длину
• Войти блоб письма ошибку.
• netcache_control
• Разрешить частичное извлечение BLOB.
• Новая команда -remove удалить пятна от их идентификаторов.
• Новый параметр -auth указать строку аутентификации для использования.
• Новые команды -reconf и -reinit для использования NetCache администраторов.
• netschedule_control
• Режим Включено совместимость, чтобы сделать работу с netschedule_control старых рабочих узлов.
• cgi2rcgi.cgi
• Не создавайте пустое пятно NetCache в качестве заполнителя для сообщения о ходе работы.
• ошибки Войти сетки, которые сообщили пользователю.
• Разрешить пробелы в параметре работа ID.
• Поддержка вывода информации о состоянии работы в формате JSON.
• Разрешить шаблоны пользовательских HTML должны быть определены ошибки GRID и других мероприятий.
• Добавлено нет кэша HTTP заголовки, чтобы избежать кэширования промежуточных результатов.
• ncfetch.cgi
• Новый параметр для доступа, защищенных паролем капли.
• Интерпретировать дополнительный параметр & Quot; имя & Quot; как имя файла для загруженного файла.

Что нового в версии 31 декабря 2008:

• Этот релиз добавляет метод колонка конкретных вычисления pseudocounts в PSI-BLAST.
• Это refactors библиотеку сетки услуги.
• Это добавляет базу модульного тестирования и протоколирования ошибок для всех классов API файла.
• Это фиксирует PTHREAD поддержку на IRIX. Это повышает поддержку XML сериализации.
• Это устанавливает поддержку Sybase.
• Это добавляет поддержку для небольших справочных таблиц для небольших запросов.
• Это добавляет API, чтобы получить статистику погрузчик GenBank.
• Это ассорти других усовершенствований, ускорений и исправления.