tigreBrowser

tigreBrowser является экспрессия генов модель браузер для результатов Tigre R пакета (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Установка
tigreBrowser требует Python версии> = 2.5. tigreBrowser может быть установлен с помощью следующей команды:
питон setup.py установить
Для получения более подробной информации об установке модулей питона (например, установка без прав суперпользователя только для текущего пользователя), см http://docs.python.org/install/
Сервер Начиная
Веб-сервер включен в tigreBrowser должен быть запущен для того, чтобы использовать фактический результат браузер.
Вам понадобится файл базы данных, полученных в Тигре R пакета (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html~~HEAD=pobj). Этот пакет содержит тестовый файл базы данных "database.sqlite", который может быть использован для тестирования tigreBrowser. В базе данных тест генерируется с использованием инструкции и примеры данных, включенных в Тигре пакета.
Выполнить tigreServer.py начать графический интерфейс пользователя на сервере. Для того, чтобы начать результата браузер, необходимо сначала выбрать файл базы данных которых результаты будут показаны. Это может быть достигнуто путем выбора "Открыть файл базы данных" и выбрав файл базы данных. Файл базы данных не должны иметь права на запись. Сервер может быть запущен, нажав кнопку "Запустить сервер". При нажатии ярлык появляется под кнопками, чтобы показать URL результирующего браузере.
Результат браузера теперь доступна в этой URL, используя обычный веб-браузер. Инструкция по использованию браузера в следующем разделе данного руководства. Браузер доступен, пока сервер не будет остановлен с помощью кнопки "Стоп" сервер.
tigreServer.py также может быть использован с интерфейсом командной строки. Начните скрипт с опцией '--help' для получения более подробной информации.
Использование браузера
Набор данных Выбор
Выбор набора данных определяет, какие результаты будут видны в списке результатов, и в каком порядке. Эксперимент Выбор набора используется для выбора набора экспериментов. Только результаты этих экспериментов будет показано в листинге.
Далее в выборе набора данных является выбор фактора транскрипции (TF) или целевой набор, в зависимости от того, установлен ли результат браузеру Целевой режим или регулятор рейтинг режима ранжирования (см установку). В режиме целевой рейтинга, выбор TF доступен и результаты листинг содержит результаты для различных целей с данной TF. В рейтинге регулятора режима, цель набор выбран, и список покажет результаты для различных регуляторов.
Поскольку число результатов может быть высокой, результаты могут быть разделены на несколько страниц. "Количество генов на странице" Выбор может быть использован для регулировки количества показали результаты. Это может быть полезно, чтобы уменьшить количество результатов, если при загрузке страницы медленно из-за огромного количества изображений.
Наконец, порядок, в котором результаты показали могут быть изменены с "Сортировать по" выбор. Результаты будут отсортированы по убыванию по данному критерию.
Фильтрация
Результаты могут быть отфильтрованы по различным критериям. Можно, например, показать только результаты для генов, Z-балл выше, чем определенный порог.
Можно объединить несколько критериев при фильтрации. "[+]" Ссылку можно использовать, чтобы добавить еще один критерий. Критерий может быть аналогичным образом удалены с помощью "[-]" ссылка (не показано, когда есть только один критерий). Когда несколько критериев используются, результатом ген должен отвечать всем критериям, чтобы быть показанной в перечислении.
Фильтрация активируется с помощью "Применить фильтры" флажок.
Подчеркивая
Если гены в базе данных содержат дополнительные данные, результаты могут быть выделены с помощью этих данных. Доступные выделяя варианты показали с цветами, связанных с этими опциями.
Подсветка работает, показывая цветные коробки под названиями зонда в результате листинга генов, которые имеют дополнительную информацию, которая соответствует выбор.
Поиск
Можно результаты данных генов поиск. Поисковые работы, набрав запятую список имен генов или зонда с полем поиска. Генные псевдонимы также может быть использован в качестве входа поиска.
Отображение результатов
Результаты данного выбора набора данных, фильтров, ярких и поиск будет показано, когда "Отправить" кнопка нажата. В базе данных будет запрашиваться для результатов, которые соответствуют данному выбор. Кнопка "Сброс" можно использовать, чтобы очистить все текстовые поля и выбор.
Ориентированный на результаты перечисление содержит несколько столбцов. В первом столбце имя зонда отображается с GENENAME, связанной с зондом. Рядом с названием гена, является экспрессия генов фигура если она определена в базе данных. В следующем столбце содержатся фактические результаты генов. Также отображается любой дополнительной информации здесь. Эксперимент цифры будут отображаться рядом значений результата.
. И, наконец, параметры эксперимента, если она установлена ​​в базу данных, будут отображаться в виде таблицы рядом с цифрами

Требования

• Python