STEPS

ШАГИ представляет собой пакет для точного стохастического моделирования систем реакции-диффузии в сколь угодно сложных 3D геометрии. Наш алгоритм ядро ​​моделирования является реализация SSA Гиллеспи, расширен, чтобы иметь дело с диффузии молекул более элементов 3D-тетраэдрической сетки.
В то время как он был разработан в основном для имитации детальных моделей нейронных сигнальных путей в дендритов и синапсов вокруг, это общий инструмент и может быть использован для изучения любой биохимический путь, в котором пространственные градиенты и морфология как полагают, играют роль.
Мы внедрили меры, как набор модулей Python, который означает шага пользователи могут использовать скрипты Python, чтобы контролировать все аспекты создания модели, генерации сетки, контролируя моделирование и получения и анализа производства. Основные вычислительные процедуры все еще осуществляются, как модули расширения C / C ++ для максимальной скорости выполнения.
. ШАГИ распространяется под лицензией GPL v3

Требования

• Python