mpiBLAST является основе MPI параллельная реализация NCBI BLAST. Проект состоит из пары программ, которые заменяют formatdb и blastall с версиями, которые выполняют работу BLAST параллельно на кластере компьютеров с MPI установлены. Есть два основных преимущества использования mpiBLAST по сравнению с традиционным BLAST.
Во-первых, mpiBLAST разбивает базу данных через каждый узел в кластере. Потому что сегмент каждого узла базы данных меньше, то, как правило, проживают в буферной кэш-, получая значительную ускорение из-за ликвидации диска I / O. Во-вторых, он позволяет пользователям BLAST воспользоваться эффективных, недорогих Beowulf кластеров, потому что требования межпроцессорный связи являются низкими.
mpiBLAST достигает супер-линейной ускорение в ситуациях, когда база данных является слишком большим, чтобы поместиться в памяти, и практически линейную ускорения в других ситуациях. Это не требует выделенного кластера.
Требования:
Комментарии не найдены