CWC Simulator

КХО Симулятор С ++ реализация КХО, исчисления для представления и моделирования биологических систем и NBSP;. После успешной установки (см INSTALL) вы сможете запускать симуляции более КХО моделей, как показано в некоторых примерах (см примеры /).
(командной строки) Интерфейс
В общей пользователем, вы должны запустить:

-i model.cwc
-o <Статистика>
-t <время>
-s
-n <работает>
-с <> Кластеры
--qt порога <порога>
-q <квантили>
-w <> рабочие
Где:
- это имя исполняемого файла (по умолчанию: ScWc);
& NBSP; - model.cwc является ввод КХО программа (см примеры);
& NBSP; - статистика префикс выхода-файлы;
& NBSP; - <время> является моделирование времени предел;
& NBSP; - : период дискретизации (т.е. 0,12, чтобы получить 250 баллов с срока = 30);
& NBSP; - <работает> это количество экземпляров моделирования;
& NBSP; - <кластеры> является количество кластеров К-средств
& NBSP; - является порог для QT кластеризации
& NBSP; - <квантили> это число квантилей;
& NBSP; - <рабочие> имеет, как правило, в соответствии с количеством ядер вашей системы (т.е. 4 для четырёхъядерного процессора).
Вывод
Инструмент производит:
- Некоторые файлы .dat (в выборку выходных симуляций)
- Некоторые GNUPLOT скрипты привлечь статистические анализы
Мы работаем на подробное руководство пользователя

Особенности :.

• Алгоритм Гиллеспи SSA над КХО моделей
• Гибридная стохастической / детерминированных семантика
• Несколько экземпляров моделирования с онлайн-статистики
• Оптимизация для многоядерных архитектур на основе рамках FastFlow
• расширяемый статистические рамки (имею в виду дисперсия, фильтруют кластеризации и т.д.).
• Несколько рейтинг семантика (массовая акция, Михаэлис-Ментен, Хилл и т.д.).