CodonW

CodonW это программа, предназначенная для упрощения многомерный анализ (анализ соответствия) использования кодонов и аминокислот. Он также рассчитывает стандартные показатели кодонов. Она имеет как меню и интерфейс командной строки.
Проект CodonW была написана Джоном Педен в лаборатории Пола Шарпа, Отдел генетики Университета Ноттингема. Джон работает в области генетики человека и в настоящее время работает в качестве менеджера базы данных ProCardis на WTCHG в Оксфордском университете.
Вот некоторые ключевые особенности "CodonW":
· Написанная в ANSI C совместимый
· Приводом меню
· Обширная количество опций командной строки
· Генетический код независимым
Не · Нет ограничения на
1. количество последовательностей
Длина 2. Последовательность
· Расчет индексов кодонов,
1. CAI: кодон индекс адаптации
2. Fop: Частота оптимальных кодонов
3. NC: Эффективное число кодонов
4. CBI: Индекс смещения кодонов
· Расчет индексов аминокислотные
Оценка 1. Соус
2. Ароматичность
· Расчет соответствия анализ
1. кодона
2. РГСУ (Относительная синонимом использование кодонов)
3. Аминокислота использование
· Анализ Переписка
1. может включать / исключать кодоны / аминокислоты
2. может генерировать подробные отчеты о тенденциях
3. Попытки определить оптимальные кодоны автоматически
4. может позволить дополнительные наборы данных, которые будут добавлены
5. записывает любое количество направлений
· Расчет параметров генов
1. Длина Джин
2. ГК, GC3s и позиция кодон конкретных G + C
3. динуклеотид состав (во всех трех кодонов кадров)
4. Аминокислота использование
5. Относительная использование аминокислоты
6. кодона
7. Относительная Синоним использование кодонов
· Может концептуально переводит последовательности белка в
· Реформатирует данные последовательности
· Человек или машиночитаемой выход
· Может объединить гены (сохраняя рамки считывания) для расчета
1. Общая использование кодонов
2. Содержание ГК
3. динуклеотид состав
· Создает таблицы кодона, аминокислоты, или использование РГСУ
· Может даже помочь вам узнать генетический код.
· И больше