CaPSID

капсида является всеобъемлющим платформы с открытым кодом, который объединяет высокую производительность вычислений трубопровода для идентификации последовательности патогена и NBSP; и характеристика человеческих геномов и transcriptomes вместе с масштабируемой базе данных результатов и дружественным веб-приложения для управления, запросов и визуализации результатов.
Начало работы
Вам понадобится база данных MongoDB, питон 2.6+ установку и Apache Tomcat 6+. Для более подробной информации, прочитайте вики:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What новый В этом выпуске:

• Исправления Сообщение об ошибке при запуске вычитание и выравнивание не найден
• Подробнее работа по фиксации длительных запросов

Что нового в версии 1.4.2:

• Удаляет MongoKit зависимость

Что нового в версии 1.4.1:

• Тайм-аут курсор Исправления для длительных статистики запросов

Что нового в версии 1.4.0:

• Статистика Добавляет то время как они работают, а не все В конце
• Сохраняет уникальный идентификатор для генов, как UID

Что нового в версии 1.2.7:

• Исправлена ​​README

Что нового в версии 1.2.6:

• Вычитание отфильтровывает несопоставленные, когда здание отображается читает

Что нового в версии 1.2:

• Утилита для создания FastQ файлы из несопоставленные читает
• Утилита для возврата пересечение FastQ файлов
• Утилита для возврата фильтр FastQ файлы
• Добавлена ​​mapq порог флаг вычитание
• Gbloader теперь могут загрузить бактерии и грибковые геномы
• Сохраняет геномных последовательностей в базе данных, используя GridFS
• Снижение объема памяти при расчете статистики
• Использование подпроцессов вместо os.system
• забивает mapq фильтр должен включать 0

Что нового в версии 1.1:

• Добавлена ​​поддержка парной конце читает

Что нового в версии 1.0.1:

• Добавлена ​​поддержка для аутентификации MongoDB

Требования

• Python