AREM

Скриншот программы:
AREM
Детали программы:
Версия: 1.0.1
Дата загрузки: 11 May 15
Тип распространения: Бесплатная
Популярность: 8

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

АРЕМ является на основе MACS (модели, основанной анализа для чип-Seq данных).
Высокая пропускная секвенирование соединен с хроматина иммуно- осадков (чип-Seq) широко используется для характеристики генома обязательных шаблонов транскрипционных факторов, кофакторов, хроматина модификаторы, и других белков ДНК связывания. Ключевым шагом в анализе данных чип-Seq, чтобы отобразить короткий читает из высокой пропускной секвенирования генома опорного и определить пиковые регионы обогащенные с короткими читает.
Хотя несколько методов были предложены для чип-Seq анализа, большинство существующие методы рассматривать только говорится, что может быть однозначно помещены в референсном геноме, и, следовательно, имеют низкую мощность для обнаружения пиков нахо- дится в повторяющихся последовательностей. Здесь мы вводим вероятностный подход для анализа данных чип-Seq, которая использует все читает, обеспечивая по-настоящему генома широкий вид обязательных моделей.
Читает моделируются с помощью смеси модели, соответствующей к обогащенные регионы и нулевой геномной фоне. Мы используем максимальную вероятность оценить расположение обогащенных регионах, и реализовать ожидания-максимизации (EM) алгоритме, который называется АРЕМ, чтобы обновить, что выравнивание вероятности каждого читать разных геномных местах.
Для получения дополнительной информации см нашу газету в RECOMB 2011 или посетите наш веб-сайт: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
АРЕМ основан на популярной MACS пик абонента, как описано ниже:
С улучшением методов секвенирования, хроматин иммунопреципитации с последующим высокой пропускной секвенирования (чип-Seq) становится популярным для изучения генома взаимодействия белок-ДНК. Для решения проблемы нехватки мощный метод анализа чип-Seq, мы представляем новый алгоритм, названный на основе модели Анализ чип-Seq (MACS), для выявления фактора транскрипции сайты связывания.
MACS захватывает влияние сложности генома оценить значимость обогащенных ChIP регионах, и MACS улучшает пространственное разрешение сайты связывания путем объединения информации о положении обоих секвенирования тега и ориентации. . MACS могут быть легко использованы для чип-Seq данных в одиночку, или с контрольным образцом с увеличением специфичности

Требования

  • Python

Похожие программы

Комментарии к AREM

Комментарии не найдены
добавить комментарий
Включите картинки!